VCF格式转换(plink, hapmap)
Posted
tags:
篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了VCF格式转换(plink, hapmap)相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
参考技术A hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/fam
vcf格式：vcf
将phasing的vcf文件转化为plink格式时保持phasing状态
如果需要保存phasing状态，则要用到plink1.9版本中的参数“--keep-allele-order”，在命令行中加上这个参数即可。
参考链接：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data#ax_allele
以上是关于VCF格式转换(plink, hapmap)的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章
2021-03-17 在linux上将vcf文件转plink的格式bed,bim,fam