将phasing的vcf文件转化为plink格式时保持phasing状态
Posted chenwenyan
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了将phasing的vcf文件转化为plink格式时保持phasing状态相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
如果需要保存phasing状态，则要用到plink1.9版本中的参数“--keep-allele-order”，在命令行中加上这个参数即可。
参考链接：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data#ax_allele
以上是关于将phasing的vcf文件转化为plink格式时保持phasing状态的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章
利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本）
2021-03-17 在linux上将vcf文件转plink的格式bed,bim,fam