5. GWAS：群体结构——Admixture

Posted 2023-03-15

参考技术A 随着技术的发展，Structure速度较慢，无法满足大量分子标记计算的需求，因此，admixture逐渐成为群体结构分析的主流软件。本文将介绍如何通过admixture进行群体结构计算。

http://dalexander.github.io/admixture/index.html

在plink中将vcf文件转换成admixture所需的.ped或.bed格式，这里以.ped为例

--vcf 输入文件名
--allow-extra-chr 允许其他格式染色体，如scaffold
--recode12 二进制编码
--out 输出文件名
--autosome-num 设置染色体数目，默认人类染色体数

每个K值都会生成两个文件，.P和.Q
P：储存推断的祖先种群的等位基因频率
Q：每个样本中各个祖先种群所占的百分比。

查看cv值，K=3时，cv error最小，最佳分群为3。

将CV结果复制粘贴至Excel中，绘制折线图。图中可看出最佳分群数为K=3。

提供几个我喜欢的配色：
K=3 "#FF4500","#9ACD32","#6495ED"
K=4 "#336666","darkred","steelblue","#CC9933"
K=5 "#FF4500","#5F7A61","#6495ED","#986D8E","#F6D167"

将K=3时的.Q文件拷贝至Windows中

当确定最佳分群数是3时，打开K=3时的.Q文件，文件共包含三列，每行为一个样本，三列中哪一个数值最大，则这个样本属于哪一个亚群。