求助大神KEGG信号通路图怎么看

Posted 2023-03-21

参考技术A 这个很简单的，什么不明白的，可以一步一步交你，本人作五年了，

快捷查找KEGG里的通路和基因

参考技术A 1.快捷查找ID对应的description，知道通路对应的编号是多少。
2.找出某一个/几个通路里的全部基因，用来做单独的下游分析。

如果是要做KEGG的富集分析，clusterProfiler可以搞定： https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.html

想看kegg通路图的话，用R包pathview来看，看函数的帮助文档就行。

不批量找的话，直接网站搜最简单 https://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

需要找全部的对应关系，基于前面讲的msigdbr可以完成： https://www.jianshu.com/p/0098baf2df46

msigdb里面本来就包括了kegg,而且挺齐全的,ID,description,基因，全都有啦。

在org.Hs.eg.db包里有：

看起来像一堆密码？这个列表，名字是通路的id，只是省略了hsa，内容是基因的entrizid。

举个栗子，提取hsa03030里的基因,并且转换成symbol。