快捷查找KEGG里的通路和基因

Posted 2023-04-09

参考技术A 1.快捷查找ID对应的description，知道通路对应的编号是多少。
2.找出某一个/几个通路里的全部基因，用来做单独的下游分析。

如果是要做KEGG的富集分析，clusterProfiler可以搞定： https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.html

想看kegg通路图的话，用R包pathview来看，看函数的帮助文档就行。

不批量找的话，直接网站搜最简单 https://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

需要找全部的对应关系，基于前面讲的msigdbr可以完成： https://www.jianshu.com/p/0098baf2df46

msigdb里面本来就包括了kegg,而且挺齐全的,ID,description,基因，全都有啦。

在org.Hs.eg.db包里有：

看起来像一堆密码？这个列表，名字是通路的id，只是省略了hsa，内容是基因的entrizid。

举个栗子，提取hsa03030里的基因,并且转换成symbol。

怎么做基于KEGG的生物通路富集分析

参考技术A 如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路
代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网粻丁纲股蕺噶告拴梗茎络。
利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路：
先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。
然后合理地安排EC号。
最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。本回答被提问者采纳 参考技术B 这个只是皮毛介绍一下KEGG，具体操作还要自己摸索的，用文字不好描述，我还是会一点的，就是先将基因的序列下载下来，上传到KEGG，KEGG会将基因的信号通路网址信息发到你邮箱里，你就可以看到你的目的基因在那些信号通路里有，我有篇这方面的文章发在蚕业科学上，不过刚接受