如何运用KEGG数据库查询信号通路（升级版）

Posted 2021-04-29 小张聊科研

之前我们介绍了“”，今天为大家带来升级版的内容。

学习了一段时间的KEGG数据库后，个人认为它最好用的功能是KEGG Mapper，当你想把差异性表达的基因与自己想要研究的信号通路联系起来时，这项功能就可以很好地帮你解决问题。

笔者之前为了验证药物作用后小鼠肝脏组织是否发生某些lncRNA的差异性表达，将实验组和对照组的肝脏组织送去公司进行了lncRNA的基因芯片分析。

公司反馈的数据中包括差异性高表达的lncRNA和与之相关的mRNA，但是我现在很想知道差异性高表达的lncRNA是否作用在了某个通路上。所以我利用KEGG Mapper先分析差异性高表达的mRNA的作用通路（因数据较多，为了方便，只任意列举其中一小部分，不一定有临床意义，只是为了演示过程）。

首先我们要将基因名称（genesymbol）转换成基因类型（geneID）的表现形式（小编注：此处即为geneID转换）。因为KEGG数据库只识别KEGG、NCBI和uniprot三种primaryID的形式，这里选择哪一种要看你的数据来源。

比如说，如果要转换成uniprot的ID形式，在uniprot网站中，点击retrieve/ID mapping的选项；在provide your identifiers中输入基因名称；下方选择转换类型和种属，点击submit。

点击页面左侧的reviewed swiss-prot(已经核实的基因)，点击download下载Excel表格（uncompressed）。在Excel表格中，entry一栏就是转换后的geneID了。

将entry和你想标记的基因颜色重新放在一个Excel表格中，这样方便你在通路图中清楚找到你要查询的基因，将颜色和geneID输入到KEGG Mapper中，点击Exec开始分析，可以知道哪些基因参与了哪种通路的表达调控。

根据mRNA在通路上的作用情况，以及公司反馈的与之相关的lncRNA，可以间接猜测该lncRNA也可能作用在这条通路上，之后可以再通过查找文献和实验证明，会省去很多大量的筛选和验证时间。

笔者注：本文基于KEGG升级版的内容，结合了自己的一点使用方法，如果有不对的地方，请大家批评指正。

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