`stat_smooth()` 中的非线性回归线及其计算失败：缺少参数“p”，没有默认错误

Posted 2023-02-16

【中文标题】`stat_smooth()` 中的非线性回归线及其计算失败：缺少参数“p”，没有默认错误

【英文标题】：Non-linear regression line and its Computation failed in `stat_smooth()`: argument "p" is missing, with no default error

【发布时间】：2021-12-30 21:58:37

【问题描述】：

我一直在尝试将非线性回归线拟合到我的标准曲线中。但是，我收到了following error:

主要问题是对于线性回归线，我可以使用如下简单命令：

stat_cor(label.y = c(825),
              label.x = c(0.88), 
          aes(label = paste(..rr.label.., ..p.label.., sep = "~`,`~")))+
   stat_regline_equation(label.x=0.88, label.y=750)+

然后出现具有a 和b 值的线性回归线方程。在这种情况下，使用以下内容后：

stat_smooth(method= "nlm", 
                formula = y~a*x/(b+x),
                method.args = list( start = c(a = 3.8, b = 1457.2)),
                se=FALSE)+

我收到上述错误。 你可能会问我从哪里得到a 和b 值？我是从：

nls(y~a*x/(b+x))

That has shown:

我不知道自己哪里出错了。

这是我的图表的全部代码

library(tidyverse)
library(tidyr)
library(dplyr)
library(readr)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
ggplot(data = STD, aes(x = Absorbance, y = STD)) +
  labs(title = "Quantifying PGD2 in cell culture lysates and its enzymatic reactions ",
       caption = "PGD2 ELISA")+
    geom_point(colour = "#69b3a2")+
    stat_smooth(method= "nlm", 
                formula = y~a*x/(b+x),
                method.args = list( start = c(a = 3.8, b = 1457.2)),
                se=FALSE)+
    xlab(expression(paste("%B/"~B[0])))+
    ylab(expression(paste("Prostaglandin"~ D[2], ~~ " MOX Concentration (pg/ml) ")))+
    
   theme(plot.background =  element_rect(fill = "transparent"),
         panel.background = element_blank(),
         panel.grid.major = element_blank(),
         panel.grid.minor = element_blank(),
         axis.line = element_line(colour = "black"))+
  
   theme(legend.spacing.y = unit(0.01, "cm"))+
   theme(legend.position = c(0.77, .91),
         legend.background = element_rect(colour = NA, fill = NA))+
   theme(plot.title = element_text(size = 12, face = "bold.italic"),
         plot.caption = element_text(hjust = 0))

这给了the following outcome

这是DataUsed

【问题讨论】：

尝试使用list(p = c(a = 3.8, b = 1457.2) 作为起始值的参数，称为p。见?nlm。

我已经尝试过这个技巧，我得到的错误是`警告：stat_smooth() 中的计算失败：找不到函数“f”`

至少有所改进。我只是又看了一眼。可能你想要 method = "nls" 而不是 nlm 在这种情况下 "start" 将是参数的正确名称。但是，即使进行了更改， stat_smooth 也会失败，因为您的示例数据只有 5 个 obs。顺便说一句：警告只是警告，但没有错误。

没错，这只是一个警告，但我确实需要非线性回归线，因为我必须拟合线才能将样品吸光度转换为 pg/ml PGD2。我知道至少有 6 个方程可以使用，具体取决于您正在进行的实验及其背后的科学，但是，我几乎可以肯定这是我的图表的正确方程 y~a*x/(b+x)，我会仔细检查虽然

好的，我已经仔细检查过，上面的等式是错误的。最适合我的图表的方程是四参数逻辑函数：y=d + a-d/1+ (x/c)^2 使用这样的方程后，我收到以下警告：Warning: Computation failed in stat_smooth(): parameters without starting value in data: d

【参考方案1】：

所以，我想我已经找到了解决问题的方法。我安装了install.packages(drc)，其中包含四参数函数。我设置了我的数据model <- drm(STD ~ Absorbance, fct = LL.4(), data = STD)，然后是plot(model)，然后是got

我知道它需要一些改变才能让它看起来更专业，但这只是我应该做的装饰性的事情。感谢@stefan 抽出宝贵时间。