R包“igraph”安装出错

Posted 2023-03-08

【中文标题】R包“igraph”安装出错

【英文标题】：Error in R package "igraph" installation

【发布时间】：2018-05-24 14:24:26

【问题描述】：

我正在尝试在 Linux 服务器中安装 R 包“igraph”，但遇到了一些错误。

我试过install.packages("igraph")，得到了这些错误信息：

与checking whether the C compiler works... no相关的问题：

* installing *source* package ‘igraph’ ...
** package ‘igraph’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... /usr/local/bin/gcc
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/tmp/RtmpPaaksz/R.INSTALL8c157a39a973/igraph':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘igraph’

与lazyeval.c:53: error: ‘for’ loop initial declarations are only allowed in C99 mode相关的问题：

lazyeval.c: In function ‘make_lazy_dots’:
lazyeval.c:53: error: ‘for’ loop initial declarations are only allowed in C99 mode
lazyeval.c:53: note: use option -std=c99 or -std=gnu99 to compile your code
lazyeval.c:63: error: redefinition of ‘nxt’
lazyeval.c:53: note: previous definition of ‘nxt’ was here
make: *** [lazyeval.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’

我的环境是

Linux R 3.4.3

谁能给我一个宝贵的建议？

由于我的问题的一致性，我关闭了这篇文章，但我仍然无法安装该软件包。谢谢大家！

【问题讨论】：

你能找到config.log 并上传吗？

你运行的是什么操作系统？你是如何安装 R 的？你跑过apt-get build-essential之类的东西吗？这应该包括一个编译器。

可能相关os-x-10-9-2-checking-whether-the-c-compiler-works-no

@SeGa 试图找到它，@MrFlick 我在帖子中添加了我的信息。 apt-get build-essential 给了我这个-bash: apt-get: command not found。

谢谢，@G5W。我有点挣扎，并试图更改我的 ~/.R/Makevars 文件，它解决了checking whether the C compiler works。但是，我更新的新错误来了。

【参考方案1】：

我通过将 ~/.R/Makevars 文件更改为处理了两个问题

C=gcc-5
CXX=g++
CXX1X = g++-5
CFLAGS = -std=c99 -Wall -pedantic

前三行用于问题 1，最后一行用于问题 2。

【讨论】：

我只是个古董。您是如何从日志中发现这一点的？

@akh22 感谢您对此的关注，但是我发帖已经一年多了，所以我现在不记得了。