外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, a

Posted 2020-10-12 橙子牛奶糖

以下链接给出了解决方案：https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-gatk-run

下面详细说明怎么解决这个问题。

首先需要下载htsjdk软件，下载地址：

http://central.maven.org/maven2/com/github/samtools/htsjdk/1.133/htsjdk-1.133.jar

在Linux上，可以输入以下命令下载该包：

wget http://central.maven.org/maven2/com/github/samtools/htsjdk/1.133/htsjdk-1.133.jar

　　下载完以后，输入以下命令行：

java -cp /path/to/your/htsjdk-1.133.jar htsjdk.samtools.FixBAMFile source.bam fixed.bam 

　　其中，source.bam指的是你的原bam文件，fixed.bam指的是修复该错误后，重新生成的bam文件。生成新的bam文件后，再跑之前的命令就不会报错了。