11预测和鉴定miRNA的靶基因

Posted 2020-10-06 风中之铃

 

转载：http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html

           http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm

 

miRNA自从被发现以来，一直备受关注，俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”。关于miRNA，主要有两个研究方向，其一是作为biomarker，这方面研究仅需足够庞大的临床样本支撑即可；miRNA的另一研究方向为功能机制研究，此时必须有miRNA靶基因的参与，可是如何确定miRNA调控的靶基因呢？接下来小编为您整理了常用miRNA靶基因预测分析数据库，供您参考~

 

 

1.TargetScan

 

TargetScan数据库是大家比较常用的预测miRNA靶基因数据库，主要通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。该数据库提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、负鼠、鸡和青蛙等动物信息。最新更新时间为2015年8月，版本为V7.0。

 

链接：http://www.targetscan.org/

 

该数据库支持通过miRNA预测靶基因，也支持通过mRNA预测相关的miRNA。

 

 

 

2.PITA

 

该数据库基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能预测miRNA 的靶标，是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息，使用者可以通过miRNA预测靶基因，也可以通过mRNA预测miRNA信息，无论是miRNA还是mRNA均可通过提供name或ID进行分析。

 

链接：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html

 

该数据库允许对靶关系的预测和下载。

 

 

3.miRBase

 

miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。该数据库于2014年6月更新为最新版本V21.0，包含223个物种的35828个成熟的miRNA序列。该数据库提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息（仅包含已有的靶标信息，所以会出现部分miRNA靶标信息无的现象）。该数据库用于miRNA信息查询较多，靶关系预测较少。

 

链接：http://www.mirbase.org/

 

使用者可利用miRNA的name、ID、染色体位置、序列进行搜索、查询相关信息。

 

 

 

4.microRA.org

 

该数据库提供了关于人类、小鼠、大鼠、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱，支持通过miRNA预测靶基因，也支持通过mRNA分析相关的miRNA。最新更新时间为2010年，好久不更新啦~

 

链接：http://www.microrna.org/

 

 

 

5.miRTarBase

 

该数据库主要收集的是被实验验证的miRNA靶标，同时提供支持搜索结果的文献或方法，最新更新于2015年9月。该数据库支持浏览、搜索和数据下载。

 

链接：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/

 

该数据库可以通过不同方面进行查询，例如miRNA、gene、disease、pathway等。

 

 

 

6.starBase V2.0

 

该数据库采集了6000多份样本，14种癌症来自于37个独立研究的108份CLIP-seq数据，同时辅助降解组实验数据搜寻miRNA的靶标，提供了各式各样的可视化界面去探讨miRNA靶标。除了miRNA和靶标mRNA之间关系，该数据库还进行lncRNA、circRNA、protein与mRNA之间的相互作用分析，并分析了ceRNA机制。该数据库主要包含人、小鼠、线虫3个物种信息。

 

链接：http://starbase.sysu.edu.cn/

 

注：本数据库更倾向于利用mRNA搜索相关miRNA信息哦。

 

 

 

除上述比较常用的数据库外，还有MicroRNAdb、miRWalk、PicTar、RNA22等miRNA靶基因预测分析数据库，但这些数据库与以上所列数据库除了鉴定靶基因标准有些许差异外，其他方面大同小异，小编认为好用数据库掌握几款足以，如果各位看官对其它数据库感兴趣，闲暇时可自行尝试哦。