测序分析软件-phred的安装

Posted 2020-09-20 爬行的乌龟

1.进入phred官网，给作者写信，获得所需的软件，大约需要两三天的时间即可收到回信。

2.根据作者的指示下载，解压相应软件。

3.以笔者本人的安装为例unbuntu系统（phred自带的installtion太麻烦了）

4.新建文件夹：

mkdir phred

5:将下载的压缩文件移到新建的文件夹中：

mv phred-dist-071222.c-acd.tar.gz

6.解压文件

tar -zxvf phred-dist-071220.c-acd.tar.gz

7.编译一下：

make

8：添加环境变量：

在home目录下：vi .bashrc添加一下三行内容：

export PATH=/home/lmt/desktop/phred:$PATH
PHRED_PARAMETER_FILE=/home/lmt/desktop/phred/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE

9：激活刚添加的环境变量：

source .bashrc

10：检验一下我们安装的Phred是否安装好了及环境变量添加好了

在任何路径下（非phred所在路径）输入一下命令：

phred -help

如果安装正确，路径添加正确，就会出现phred的用法提示。

11：安装完成。