软件安装重测序注释——snpEff 的使用

Posted 2021-08-06 abysw

下载软件包：

https://pcingola.github.io/SnpEff/ # 软件网址

snpEff_latest_core.zip # 软件名

解压到指定文件夹：

unzip snpEff_latest_core.zip # 于指定文件夹解压

cd snpEff # 进入snpEff文件夹

vi snpEff.config # 打开配置文件，并新增一行：db1.genome : aaa，然后保存

mkdir data # 新建数据文件夹

cd data # 进入数据文件夹

mkdir db1 # 新建物种名文件夹，db1为用户命名

mkdir genomes # 新建genome 数据放置文件

cp db1* db1 # 将所有db1相关的文件拷贝进db1

cd db1 # 进入目录，准备好注释文件：将gff等文件重命名为 genes.gff protein.fa regulation.gff 等

mv db1.fa ../genomes/db1.fa # 准备好基因组序列文件

cd ../.. # 进入snpEff文件夹

java -jar snpEff.jar build -gff3 -v db1 #  建库

cd /abyss/soft/snpEff; java -Xmx8g -jar snpEff.jar db1 snp.vcf > snp.ann.vcf 

 

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