tRNA 二级结构预测可视化

Posted 2020-09-06 庐州月光

 

 tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列，从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构，以人为例

打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search， 物种输入为 human ,  然后点击 search database 数据框

 

 在检索结果页面的底部，可以下载对应的tRNA序列和二级结构

 

 选择 Doload FASTAstructure 选项，就会下载对应的文件，序列格式为

>tdbD00000241|Homo_sapiens|9606|Ala|TGC
GGGGGTGTAGCTCAGTGGTAGAGCGCATGCTTTGCATGTATGAGGCCTCGGTTCGATCCCCGACACCTCCA
(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.((.......)).).))))))).

类似fasta 序列，只不过在序列之后，还有一行信息，描述了RNA的二级结构；

利用 http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/ 在线工具对tRNA的二级结构进行可视化

点击左上角的Add Molecule 下拉菜单，选择Add Sequence and Secondary Structure 选项

 在弹出的对话框中，输入对应的序列和二级结构信息

 

 点击Submit 按钮，就会生成如下所示的图，还有选多的选项可以调整图片，就不一一赘述了

 生成的图片支持导出SVG, png等格式；到此，大功告成！