2020-01-21 测序数据的质控和过滤
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了2020-01-21 测序数据的质控和过滤相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
参考技术A 二代测序数据下机后一般为rawdata，这时候含有一些低质量测序数据和街头污染数据，我们要将低质量数据过滤掉获得cleandata用于后续分析；Fastqc(用于测序数据质控)，
MultiQC（用于质控结果整合和解读）
Trimmomatic（用于测序数据修剪和过滤）
fastqc运行结果图：
运行结束后，每个fq.gz文件会产生两个文件，一个是zip压缩文件，一个是html文件，将所有样品的文件转移到新的文件夹中。
如，可以将所有的zip文件和html文件转移到名字为fastqc的文件夹中。
根据multiqc整合结果分析测序数据质量
从上图可以看出，前15个碱基含量分布异常，
因此我们要将前15个碱基修剪掉，同时过滤掉低质量数据（）
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