比对工具之 samtools 使用方法
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samtools 格式详解
局部组装常用命令及其参数
$samtoolsdir/samtools view [email protected] $NP -Sb $out/bwamem_$sample.sam -o $out/bwamem_$sample.bam [email protected]
-S
-b
-o $samtoolsdir/samtools sort [email protected] $NP $out/bwamem_$sample.bam -o $out/bwamem_$sample.sorted.bam $samtoolsdir/samtools index $out/bwamem_$sample.sorted.bam
参考资料:
SAM Spec v1.4 SAM格式说明文件
以上是关于比对工具之 samtools 使用方法的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章