BioGRID 互作数据库

Posted 2022-01-04 wangshicheng

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BioGRID

 

BioGRID 是 Biological General Repository for Interactionh Datasets 的缩写（网址为 https://thebiogrid.org），是一个公开的数据库，主要记录、整理包括蛋白、遗传和化学互作的数据，涵盖人类和所有主要的模式生物。BioGRID 网站的主页如下，使用起来也比较简单，只需要输入一个基因ID、关键词或基因名，选择物种，点击搜索即可获得基因互作的结果。

 

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示例：PHYB

 

比如以拟南芥中最流行的基因 PHYB 为例，结果如下，可以看到 PHYB 公告有 68 个互作的基因，164次互作的数据。

 

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BioGRID 的基因互作网络视图

 

PHYB 的互作网络图如下，可以看到 PHYB 与图中这么多基因都存在互作关系。与 PHYB 基因互作的基因之间的互作关系也在图中标示了出来。

 

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NAR 的论文

 

2018年，11 月 24日，美国普林斯顿大学、加拿大西奈山医院、加拿大多伦多儿童医院和加拿大蒙特利尔大学的研究者 Oughtred 等在 Nucleic Acids Research 杂志在线发表了题为“The BioGRID interaction database: 2019 update” 的论文，对 BioGRID 数据库做了更新说明。

 

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约 160 万条记录

 

截止到 2018 年 9 月（build 3.4.164），BioGRID 共收录 1598688 条生物互作数据，这些记录来自71 个物种，55809 篇文献。这些记录中超过 70万条为翻译后修饰的互作数据。

 

BioGRID 现在还收集了化学互作数据，包括来自 DrugBank 数据库的人类疾病位点的“化学－蛋白”互作，以及人工登记的文献报道的生物活性分子的数据。

 

BioGRID 一个新的比较独特内容是 ORCS 数据库（Open Repository for CRISPR Screens），收集了基于 CRISPR-Cas9 的全集因组筛选的“基因－表型”和“基因－基因”关系数据。目前 ORCS 数据库收集了超过 500 份在人类和老鼠细胞系中完成的全集因组筛选的数据。

 

BioGRID 数据库可以无限制地免费使用，也支持以标准格式下载到本地，还可以通过其网页服务平台与其它应用整合在一起。BioGRID 的数据也可以通过合作的模式生物数据库或综合数据库自由发布。