BloomFilter在Hudi中的应用

Posted 2020-11-22 apachehudi

Bloom Filter在Hudi中的应用

介绍

Bloom Filter可以用于检索一个元素是否在一个集合中。它的优点是空间效率和查询时间都远远超过一般的算法，主要缺点是存在一定的误判率：当其判断元素存在时，实际上元素可能并不存在。而当判定不存在时，则元素一定不存在，Bloom Filter在对精确度要求不太严格的大数据量场景下运用十分广泛。

引入

为何要引入Bloom Filter？这是Hudi为加快数据upsert采用的一种解决方案，即判断record是否已经在文件中存在，若存在，则更新，若不存在，则插入。对于upsert显然无法容忍出现误判，否则可能会出现应该插入和变成了更新的错误，那么Hudi是如何解决误判问题的呢？一种简单办法是当Bloom Filter判断该元素存在时，再去文件里二次确认该元素是否真的存在；而当Bloom Filter判断该元素不存在时，则无需读文件，通过二次确认的方法来规避Bloom Filter的误判问题，实际上这也是Hudi采取的方案，值得一提的是，现在Delta暂时还不支持Bloom Filter，其判断一条记录是否存在是直接通过一次全表join来实现，效率比较低下。接下来我们来分析Bloom Filter在Hudi中的应用。

流程

Hudi从上游系统（Kafka、DFS等）消费一批数据后，会根据用户配置的写入模式（insert、upsert、bulkinsert）写入Hudi数据集。而当配置为upsert时，意味着需要将数据插入更新至Hudi数据集，而第一步是需要标记哪些记录已经存在，哪些记录不存在，然后，对于存在的记录进行更新，不存在记录进行插入。

在HoodieWriteClient中提供了对应三种写入模式的方法（#insert、#upsert、#bulkinsert），对于使用了Bloom Filter的#upsert方法而言，其核心源代码如下

public JavaRDD<WriteStatus> upsert(JavaRDD<HoodieRecord<T>> records, final String commitTime) {
    ...
    // perform index loop up to get existing location of records
    JavaRDD<HoodieRecord<T>> taggedRecords = index.tagLocation(dedupedRecords, jsc, table);
    ...
    return upsertRecordsInternal(taggedRecords, commitTime, table, true);
}

可以看到首先利用索引给记录打标签，然后再进行更新，下面主要分析打标签的过程。

对于索引，Hudi提供了四种索引方式的实现：HBaseIndex、HoodieBloomIndex、HoodieGlobalBloomIndex、InMemoryHashIndex，默认使用HoodieBloomIndex。其中HoodieGlobalBloomIndex与HoodieBloomIndex的区别是前者会读取所有分区文件，而后者只读取记录所存在的分区下的文件。下面以HoodieBloomIndex为例进行分析。

HoodieBloomIndex#tagLocation核心代码如下

public JavaRDD<HoodieRecord<T>> tagLocation(JavaRDD<HoodieRecord<T>> recordRDD, JavaSparkContext jsc,
      HoodieTable<T> hoodieTable) {

    // Step 0: cache the input record RDD
    if (config.getBloomIndexUseCaching()) {
      recordRDD.persist(config.getBloomIndexInputStorageLevel());
    }

    // Step 1: Extract out thinner JavaPairRDD of (partitionPath, recordKey)
    JavaPairRDD<String, String> partitionRecordKeyPairRDD =
        recordRDD.mapToPair(record -> new Tuple2<>(record.getPartitionPath(), record.getRecordKey()));

    // Lookup indexes for all the partition/recordkey pair
    JavaPairRDD<HoodieKey, HoodieRecordLocation> keyFilenamePairRDD =
        lookupIndex(partitionRecordKeyPairRDD, jsc, hoodieTable);

    // Cache the result, for subsequent stages.
    if (config.getBloomIndexUseCaching()) {
      keyFilenamePairRDD.persist(StorageLevel.MEMORY_AND_DISK_SER());
    }

    // Step 4: Tag the incoming records, as inserts or updates, by joining with existing record keys
    // Cost: 4 sec.
    JavaRDD<HoodieRecord<T>> taggedRecordRDD = tagLocationBacktoRecords(keyFilenamePairRDD, recordRDD);

    if (config.getBloomIndexUseCaching()) {
      recordRDD.unpersist(); // unpersist the input Record RDD
      keyFilenamePairRDD.unpersist();
    }

    return taggedRecordRDD;
  }

该过程会缓存记录以便优化数据的加载。首先从记录中解析出对应的分区路径 -> key，接着查看索引，然后将位置信息（存在于哪个文件）回推到记录中。

HoodieBloomIndex#lookup核心代码如下

private JavaPairRDD<HoodieKey, HoodieRecordLocation> lookupIndex(
      JavaPairRDD<String, String> partitionRecordKeyPairRDD, final JavaSparkContext jsc,
      final HoodieTable hoodieTable) {
    // Obtain records per partition, in the incoming records
    Map<String, Long> recordsPerPartition = partitionRecordKeyPairRDD.countByKey();
    List<String> affectedPartitionPathList = new ArrayList<>(recordsPerPartition.keySet());

    // Step 2: Load all involved files as <Partition, filename> pairs
    List<Tuple2<String, BloomIndexFileInfo>> fileInfoList =
        loadInvolvedFiles(affectedPartitionPathList, jsc, hoodieTable);
    final Map<String, List<BloomIndexFileInfo>> partitionToFileInfo =
        fileInfoList.stream().collect(groupingBy(Tuple2::_1, mapping(Tuple2::_2, toList())));

    // Step 3: Obtain a RDD, for each incoming record, that already exists, with the file id,
    // that contains it.
    Map<String, Long> comparisonsPerFileGroup =
        computeComparisonsPerFileGroup(recordsPerPartition, partitionToFileInfo, partitionRecordKeyPairRDD);
    int safeParallelism = computeSafeParallelism(recordsPerPartition, comparisonsPerFileGroup);
    int joinParallelism = determineParallelism(partitionRecordKeyPairRDD.partitions().size(), safeParallelism);
    return findMatchingFilesForRecordKeys(partitionToFileInfo, partitionRecordKeyPairRDD, joinParallelism, hoodieTable,
        comparisonsPerFileGroup);
  }

该方法首先会计算出每个分区有多少条记录和影响的分区有哪些，然后加载影响的分区的文件，最后计算并行度后，开始找记录真正存在的文件。

对于#loadInvolvedFiles方法而言，其会查询指定分区分区下所有的数据文件（parquet格式），并且如果开启了hoodie.bloom.index.prune.by.ranges，还会读取文件中的最小key和最大key（为加速后续的查找）。

HoodieBloomIndex#findMatchingFilesForRecordKeys核心代码如下

JavaPairRDD<HoodieKey, HoodieRecordLocation> findMatchingFilesForRecordKeys(
      final Map<String, List<BloomIndexFileInfo>> partitionToFileIndexInfo,
      JavaPairRDD<String, String> partitionRecordKeyPairRDD, int shuffleParallelism, HoodieTable hoodieTable,
      Map<String, Long> fileGroupToComparisons) {
    JavaRDD<Tuple2<String, HoodieKey>> fileComparisonsRDD =
        explodeRecordRDDWithFileComparisons(partitionToFileIndexInfo, partitionRecordKeyPairRDD);

    if (config.useBloomIndexBucketizedChecking()) {
      Partitioner partitioner = new BucketizedBloomCheckPartitioner(shuffleParallelism, fileGroupToComparisons,
          config.getBloomIndexKeysPerBucket());

      fileComparisonsRDD = fileComparisonsRDD.mapToPair(t -> new Tuple2<>(Pair.of(t._1, t._2.getRecordKey()), t))
          .repartitionAndSortWithinPartitions(partitioner).map(Tuple2::_2);
    } else {
      fileComparisonsRDD = fileComparisonsRDD.sortBy(Tuple2::_1, true, shuffleParallelism);
    }

    return fileComparisonsRDD.mapPartitionsWithIndex(new HoodieBloomIndexCheckFunction(hoodieTable, config), true)
        .flatMap(List::iterator).filter(lr -> lr.getMatchingRecordKeys().size() > 0)
        .flatMapToPair(lookupResult -> lookupResult.getMatchingRecordKeys().stream()
            .map(recordKey -> new Tuple2<>(new HoodieKey(recordKey, lookupResult.getPartitionPath()),
                new HoodieRecordLocation(lookupResult.getBaseInstantTime(), lookupResult.getFileId())))
            .collect(Collectors.toList()).iterator());
  }

该方法首先会查找记录需要进行比对的文件，然后再查询的记录的位置信息。

其中，对于#explodeRecordRDDWithFileComparisons方法而言，其会借助树/链表结构构造的文件过滤器来加速记录对应文件的查找（每个record可能会对应多个文件）。

而使用Bloom Filter的核心逻辑承载在HoodieBloomIndexCheckFunction，HoodieBloomIndexCheckFunction$LazyKeyCheckIterator该迭代器完成了记录对应文件的实际查找过程，查询的核心逻辑在computeNext`中，其核心代码如下

protected List<HoodieKeyLookupHandle.KeyLookupResult> computeNext() {

      List<HoodieKeyLookupHandle.KeyLookupResult> ret = new ArrayList<>();
      try {
        // process one file in each go.
        while (inputItr.hasNext()) {
          Tuple2<String, HoodieKey> currentTuple = inputItr.next();
          String fileId = currentTuple._1;
          String partitionPath = currentTuple._2.getPartitionPath();
          String recordKey = currentTuple._2.getRecordKey();
          Pair<String, String> partitionPathFilePair = Pair.of(partitionPath, fileId);

          // lazily init state
          if (keyLookupHandle == null) {
            keyLookupHandle = new HoodieKeyLookupHandle(config, hoodieTable, partitionPathFilePair);
          }

          // if continue on current file
          if (keyLookupHandle.getPartitionPathFilePair().equals(partitionPathFilePair)) {
            keyLookupHandle.addKey(recordKey);
          } else {
            // do the actual checking of file & break out
            ret.add(keyLookupHandle.getLookupResult());
            keyLookupHandle = new HoodieKeyLookupHandle(config, hoodieTable, partitionPathFilePair);
            keyLookupHandle.addKey(recordKey);
            break;
          }
        }

        // handle case, where we ran out of input, close pending work, update return val
        if (!inputItr.hasNext()) {
          ret.add(keyLookupHandle.getLookupResult());
        }
      } catch (Throwable e) {
        if (e instanceof HoodieException) {
          throw e;
        }
        throw new HoodieIndexException("Error checking bloom filter index. ", e);
      }

      return ret;
    }

该方法每次迭代只会处理一个文件，每次处理时都会生成HoodieKeyLookupHandle，然后会添加recordKey，处理完后再获取查询结果。

其中HoodieKeyLookupHandle#addKey方法核心代码如下

public void addKey(String recordKey) {
    // check record key against bloom filter of current file & add to possible keys if needed
    if (bloomFilter.mightContain(recordKey)) {
      ...
      candidateRecordKeys.add(recordKey);
    }
    totalKeysChecked++;
  }

可以看到，这里使用到了Bloom Filter来判断该记录是否存在，如果存在，则加入到候选队列中，等待进一步判断；若不存在，则无需额外处理，其中Bloom Filter会在创建HoodieKeyLookupHandle实例时初始化（从指定文件中读取Bloom Filter）。

HoodieKeyLookupHandle#getLookupResult方法核心代码如下

public KeyLookupResult getLookupResult() {
    ...
    HoodieDataFile dataFile = getLatestDataFile();
    List<String> matchingKeys =
        checkCandidatesAgainstFile(hoodieTable.getHadoopConf(), candidateRecordKeys, new Path(dataFile.getPath()));
    ...
    return new KeyLookupResult(partitionPathFilePair.getRight(), partitionPathFilePair.getLeft(),
        dataFile.getCommitTime(), matchingKeys);
  }

该方法首先获取指定分区下的最新数据文件，然后判断数据文件存在哪些recordKey，并将其封装进KeyLookupResult后返回。其中#checkCandidatesAgainstFile会读取文件中所有的recordKey，判断是否存在于candidateRecordKeys，这便完成了进一步确认。

到这里即完成了record存在于哪些文件的所有查找，查找完后会进行进一步处理，后续再给出分析。

总结

Hudi引入Bloom Filter是为了加速upsert过程，并将其存入parquet数据文件中的Footer中，在读取文件时会从Footer中读取该BloomFilter。在利用Bloom Filter来判断记录是否存在时，会采用二次确认的方式规避Bloom Filter的误判问题。