本地blast

Posted 2020-11-20 djx571

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262；https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章

1）下载网址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+

2）解压到文件夹。此处为E:softwarelast_2.8.0_alpha。会自动出现一个bin文件夹（放置程序，如下图），一个doc文件夹(放置文件)。然后自己创建一个Blastdb（放置数据库）

3）下载各种数据库，网址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db。本次下载的为swissprot及16S。解压缩到Blastdb下（这些下载的数据库已建好索引）。如果是自己的序列集合做数据库则需要建立索引。

 

 

                                                

4）环境变量设置。我的电脑>鼠标右键>属性>高级系统设置>环境变量。然后1：在系统变量中“Path”添加变量值：E:softwarelast_2.8.0_alphain（即bin文件所在的路径）；2）在用户变量下方点击“新建”-变量名：Blastdb，变量值：E:softwarelast_2.8.0_alphalastdb(即数据库路径)

                                                            

5）win+R然后输入cmd,然后enter键，进入dos界面

如果是自己的数据建库(fasta格式)需要首先建索引：

makeblastdb   -in   E:softwarelast_2.8.0_alphamy_query_data est_data_Unigene.fa    -out   E:softwarelast_2.8.0_alphadatabasePF_transcriptdb -dbtype nucl
其中：-in 参数后面为自己数据库(此处是一个转录组)所在的绝对路径，-out是索引结果输出路径（会输出三个文件.pin；.phr；.psq），-dbtype是数据类型，核酸用nucl，蛋白用prot。

tblastx -query E:softwarelast_2.8.0_alphamy_query_data ac019.txt -db PF_transcriptdb -out E:softwarelast_2.8.0_alphamy_query_dataresult_n.txt -outfmt 7 -evalue 1e-5
其中-query是你自己的query序列所在的绝对路径；-db 上一步所建立的数据库；-out 是输出文件路径；-outfmt 输出格式；6表示不加注释的m8格式，7表示加注释的m8格式；-num_threads：线程数，笔记本不要设大了，２就够了；-perc_identity ：比对的最低相似度。

 如果是和NCBI 下载的数据库比对：

blastp -query E:softwarelast_2.8.0_alphamy_query_data est.fasta -db swissprot -out E:softwarelast_2.8.0_alphamy_query_dataout.txt -outfmt 7 -evalue 1e-10

blastn -query E:softwarelast_2.8.0_alphamy_query_dataMacromonas.fa -db 16SMicrobial -out E:softwarelast_2.8.0_alphamy_query_dataout.txt -outfmt 7 -evalue 1e-90
其中-db swissprot，-db 16SMicrobial 就是上一步NCBI下载解压过(自己本身就带有索引，不用自己建)，且因为数据库Database路径已经加入了环境变量，因此这里不用写绝对路径。