教你画一个掰弯的热图（Heatmap），展示更多的基因表达量

Posted 2023-04-26

参考技术A

难道，这不像孔雀开屏吗？

组学数据已经泛滥，但是信息的挖掘仍任重道远。顺手的工具，可以节省使用者尽可能多的时间，或者将看起来很复杂，很难以完成的事情，变得非常简单。
图形的掰弯 ，这个是我很久以前已经实现的功能，当然这个功能的灵感（而不是实现逻辑）来至《The Grammer of Graphics》（这本书也是R包ggplot2的实现基础）。图形的掰弯，正如本公众号早前的推文介绍，事实是 笛卡尔坐标系像极坐标系转换 的过程。坐标的转换是一个事情，而图形的变换是另一个事情，比如矩形要办成中空的扇形等。
热图，我已经不止一次谈及，如果早前有关注 生信札记 公众号的朋友，那么应该知道，TBtools有两个热图功能， Amazing Heatmap 和 Fancy Heatmap Browser ，各有所长。 一般用过的人，大部分时候都会觉得真的是Amazing 。后者目前似乎用的人不多，不过我们课题组有一些相关成果会应用上。或许有时候，过于非常规的出图逻辑（往往也是更优秀的发表级图片）并不能为多数人所接受。所以没有人用，也是意料之内。
优秀的人，总是会突破已有局限的。
我写Amazing Heatmap在先，而后续才实现了掰弯逻辑。掰弯逻辑的实现，本身是为了Circos图工具的实现。但是我并没有想到，会有TBtools用户在我之前挖掘出了 掰弯的热图 的使用逻辑。
掰弯的热图，目前已可在数个已发表工作中见到。往往，使用这一功能的目的，可能是尽可能展示更多的基因。这个需求其实很容易产生。有时候，我们展示十几个基因，那么常规的矩形热图效果就很不错；但是，当基因数目上升到数十上百，那么可能图版就不好放下。此时，圆环状的优势就会体现出来。

首先，应该升级TBtools到最新版本，然后，还是打开 Amazing Heatmap 这个工具

第一步是，大概调整一些文字与图形的距离，主要原因是文字总归是文字，使用的空间与我们图形元件使用的空间不同，所以距离需要自己多试试..., 我同时也调整了树的宽度

首先是一个提示操作，TBtools的所有图片是交互的，原本图是这样的

在图形外的空白处，鼠标右击两次，可显示隐藏元件

摁住Shift键不放，鼠标右键TilePanel，此时会出现菜单，选择

如此，即可合并两个Panel（用于后续统一转换坐标系）
接下来的操作就比较简单，对合并后的Panel，鼠标右键，调出菜单，

这些参数，可以依据自己需要，不断细调。具体就看个人需要了
比如你看都不想看到一个gap

其实，如果你确实花时间去了解一个工具，那么并不会有那么多使用问题。如果有，那么一般是你想要 使用别人甚至是开发者的时间 来实现你的梦想。既然如此，其实你需要做的是考虑支付一定额度的酬劳。
真正做事情的，往往遇到问题，会自己找到解决办法。比如这位朋友，自己搞定一个图，最后整到微信头像上

近日，事情挺多的。或许生物学问题值得做的事情已经很多了，写工具已经放在第二甚至第三位。正如我们所看到的，过得好的，更多的还是做生物学问题的，而不是写工具的。
当然，写工具，本身也是为了解决生物学问题，只是为谁解决生物学问题，这是一个需要问自己的问题。

如何缩放热图的单元格高度和宽度？

我有一个641 * 976数据点的矩阵。当我在R中应用热图函数时，结果是二次热图。我希望Heatmap与我的输入矩阵（平方单元格）具有相同的比例。

heatmap（as.matrix（Data），scale =“none”，col = my_palette，breaks = col_breaks，main =“发射比热图”，Rowv = NA，Colv = NA）

我可以用mtcars数据集向你展示我的情况。该数据集的尺寸为32 * 11。当您生成mtcars数据集的热图时，您将获得二次热图。即使输入矩阵是矩形的。

dim(mtcars)
heatmap(as.matrix(mtcars), scale = "none", Rowv = NA, Colv = NA)

我希望热图也是矩形的。这意味着热图的每个单元格都是二次而不是矩形。在mtcars数据集的热图中，很明显不是这种情况。

我遇到的另一个问题是热图的方向。当我们检查数据集时，我们看到行“Mazda RX4”和列“mpg”的单元格位于左上角。

View(mtcars)

但是在热图中，左上角的单元格包含“Volvo 142E”行和“mpg”列的信息。如何调整热图，使方向与输入矩阵中的方向完全相同。在左上角的含义中，单元格包含“Mazda RX4”行和“mpg”列的信息。

答案

同时我找到了解决问题的方法。我切换到了heatmap.2功能。这允许我使用margin命令设计Heatmat的长度和宽度。