TCGA一些数据库

Posted 2021-02-02 nkwy2012

最出名，http://www.cbioportal.org/

特色：最基本的简单分析基因突变、共表达/共突变的基因，下载数据也可以，最常看的应该还是oncoPrint那个。

详细用法：TCGA数据库的数据怎么查？

 

最方便，Ge-mini

特色：手机app，可随时查看，主要关注基因表达量的变化

 

详细用法：装这个app，妈妈再不骂我捧着手机不干正事了

最细致，http://ualcan.path.uab.edu/index.html

特色：1. 对肿瘤样本做了很细很专业的分组subgroup，生存分析、表达量都可以选择更细的亚型或临床表型做对比。

2. 生存分析时，还能对比不同分期、性别、年龄、体重等临床特征。

详细用法：TCGA数据库挖掘分析，这个网站好用到爆！

最懒，http://www.oncolnc.org/

特色：mRNA, miRNA, or lncRNA的生存分析

Here you can link TCGA survival data to mRNA, miRNA, or lncRNA expression levels. To get started simply input either a Tier 3 TCGA mRNA, miRNA, or MiTranscriptome beta lncRNA.

详细用法：懒人怎么做肿瘤病人的生存分析？

 

最权威，https://portal.gdc.cancer.gov/

特色：TCGA官网上是这么介绍的：这是一个交互的数据系统，可以供研究者查找、下载、上传及分析癌症组学数据集包括TCGA的。

详细用法：数据库专题之TCGA

最人性化，http://www.firebrowse.org/，我经常会在这里下载数据。

特色：1. download everything with 1 command

2. 图形化显示一起发生突变的基因，还能在网页上交互式的改图

详细用法：TCGA数据库在线使用

 

最强大，http://xena.ucsc.edu/getting-started/

特色：把hub下载下来，体验不一样的TCGA。

Securely analyze and visualize your private functional genomics data set in the context of public and shared genomic/phenotypic data sets.

详细用法：UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)