GEO/TCGA 数据挖掘到底什么套路？

Posted 2021-04-27 生物学霸

羡慕别人实验室可以做测序做芯片，样本多，数据多。 听说利用 GEO、TCGA 数据库就能挖掘大量数据，发自己的文章，虽然只有三分，但堪称性价比最高的套路！

那么到底如何做 GEO、TCGA 数据挖掘呢？

第一步，自己要分析的疾病，然后下载数据，差异表达分析，筛选得到几个关键的分子（可以是lncRNA，mRNA，miRNA，circRNA）。

差异基因表达量聚类热图： 肿瘤样品与正常组织之间对比做差异表达分析，筛选出肿瘤细胞中表达显著差异的基因，之后根据表达量绘制表达热图

 

差异基因差异倍数与显著性的分布图，左边蓝色点代表下调基因，右边蓝色点代表上调基因

第二步，进行 GO 富集分析、Pathway 富集分析、GSEA 富集分析、PPI 分析、IPA 通路分析等，最后再做生存分析、ROC曲线分析等，就可以得到与疾病诊断相关的biomarker。

 

Cox回归分析与预后相关的biomarker，构建预后模型。 根据预后模型划分病人风险，检验预后模型的可靠性。 左图为模型ROC曲线结果，右图为生存分析结果

 

找到与肿瘤预后相关的关键基因，做蛋白互作网络分析结果

第三步，如果发高分的文章，可以再做一下小鼠模型，细胞模型，敲除，过表达等补充实验，对分子机理进行深入研究，干湿结合，文章就能再上一个档次。

另外，还有其他套路组合，例如做一下 WGCNA 或者联合 Oncomine 数据挖掘等等。

WGCNA分析： 所有基因共表达基因模块的划分（左边的层次聚类每一个分支代表一个基因，旁边对应的彩色条带表示不同模块），以及基因之间共表达相关性（热图）

为满足科研人员对系统了解 TCGA、GEO 数据产生，格式、组合、分析及挖掘的实战课程的需求， 丁香园和组学大讲堂共同举办 GEO/TCGA 数据挖掘案例实操线下培训班 ，帮助基础医学或转化医学方向研究者学习如何利用 TCGA、GEO 数据库进行多组学数据分析与挖掘。

本次培 训主题

1. R语言与绘图基础技能，零基础入门

2. TCGA、GEO数据库挖掘类文章思路解析

3. TCGA、GEO各组学数据下载与整理

4. TCGA、GEO数据库挖掘分析技能

课程安排如下

适合人群

广大医生，医学生及相关科研人员

课程特色

1.以发 SCI 文章为目的，真实体验 TCGA、GEO 数据分析挖掘全过程；

2.内容量适中，拒绝填鸭式兜售教学，让您有高质量学习体验；

3.课程内容设置由浅入深，生信零基础也可入门；

4.线下培训+线上视频课程温习，解决学后易忘的难题；

5.线下培训结合QQ群及论坛答疑，即时解决后续学习、分析过程中遇到的问题；

主讲老师

黄莉莎，组学大讲堂技术总监，10年生物信息从业经验，长期从事生物数据分析与挖掘，包括转录组（mRNA，lncRNA，miRNA），人类单基因病/复杂疾病/癌症，表观甲基化等领域数据挖掘分析工作。 精通R语言、python语言，perl语言，linux系统等分析工具，具有丰富的科研及测序数据分析经验，学员人数20000+。

往期好评

图片来源微信交流群

培训名称： GEO/TCGA 数据挖掘案例实操班

培训主办： 丁香园、组学大讲堂

培训时间： 2019.12.6-12.8 （周五-周日）

培训地点： 北京工美蓝孔雀商务酒店

培训费用： 3800元/人 （培训包含三日午餐，其余食宿费用自理）

优惠政策：

• 老学员价 3600 元/人
  

• 3 人及以上报名，只要 3500 元/人
  

• 转发文章至朋友圈可以优惠 100 元

另外，报名线下培训班赠送 9 门课程（总价值1796.9元）

《GEO不同平台芯片数据标准化》、《医学癌症TCGA-文章套路解析》、《医学癌症TCGA-基因差异表达分析》、《医学癌症TCGA-生存分析》、《GEO芯片数据挖掘》、《GSEA富集分析-表达量数据应用》等。

报名方式

报名及咨询请联系客服人员

微信： Drugirl（药丸同学）

电话： [phone] 陈老师

客服微信二维码

注意事项

本次培训按照报名顺序按照座位，建议及早报名。

支持开票： 开票内容为会议服务费或培训费，开票请联系客服人员。

提供盖公章的会议通知。

请学员自带电脑，课程内容包括上机实操。

实际授课过程中，老师会根据学员学习速度进行微调。