欲哭无泪的p-value = 0.051 | 做几次重复能得到较低的p-value

Posted wangprince2017

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欲哭无泪的p-value = 0.051 | 做几次重复能得到较低的p-value

已有 1469 次阅读 2017-12-15 14:12 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seqRNA-seq

 

本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小哈   来源:嘉因

60分万岁,多1分浪费

 

p-value = 0.051。。。。。。

 


 

场景一:做RNA-seq,做几次重复?应该做几次?发paper时认可几次重复?

 

场景二:RNA-seq做了3次重复,用p-value < 0.05筛出的差异基因太少,只用2次重复来筛,筛出了好多,好开森 ~ ~ ~

 

场景三:基因KO组跟对照组比,计算药物处理后表型是否有显著差异。做了3次实验,p-value > 0.05;继续做,做到5次重复,p-value < 0.05,好开森 ~ ~ ~

 


 

减少重复次数?增加重复次数?怎样是合理的?

 

来看看statQuest视频讲Power in statistics,需要几次重复能获得较低的p-value。

 

 

 

倒霉蛋儿不只你一个,增加重复次数会发生什么?

 

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多做了重复后,30%的情况p-value降到0.05以下,make sense?NO!那叫假阳性

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不可以为了获得好的p-value而增加重复,那会增加假阳性。

 

正确的做法是:

 

  1. 做实验之前,算一下到底需要多少样本量;

  2. 如果实验前没评估样本量,就评估之后重新开始做实验。

 

(你们这些做统计的不懂实验狗的忧伤)

 

 

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怎样评估需要做几次重复呢?

 

实验前评估需要多少次重复,power calculation,受4个因素影响:

 

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第4个是统计方法,最广泛应用的t-test有最强的power。重点考虑前三个因素:

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最好是有前期数据或已发表的数据,有第六感也成:

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如果没有前期数据和第六感,还有办法:

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对于RNA-seq数据:

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具体怎么算?

 

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交给电脑算,点击左下角“阅读原文”直达G*Power网站。刚更新,17 July 2017 - Release 3.1.9.3,有Windows版本和Mac版本。用法简单:

 

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你可能需要一些基础知识,搬来简洁易懂的statQuest视频。

 

one or two tail t-test的另一个视频

 

 

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回到开头的场景,解决方案:

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才不管怎么算呢,We always use 3 patients...

 

 

 

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以上是关于欲哭无泪的p-value = 0.051 | 做几次重复能得到较低的p-value的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

p-value

p-value&q-value&FDR

p-value

用p-value检验Null hypothesis

p值+p-value+p value+显著性+significance

p-value,p-adjust,q-value