bed文件格式解读

Posted 2020-12-30 djx571

1）BED文件

 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致(见下图)。 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。

 BED文件结构：
-------------------------------------------------------------必须有以下3列------------------------------------------------------------------------
    chrom :即染色体号
    chromStart :即feature在染色体上起始位置 。在染色体上最左端坐标是0
    chromEnd :即feature在染色体上的终止位置。例如一个染色体前100个碱基定义为chromStart=0,  chromEnd=100, 跨度为 0-99.
----------------------------------------------------------------可选9列-------------------------------------------------------------------------------
    name ：feature的名字 ，在基因组浏览器左边显示；
    score ：在基因组浏览器中显示的灰度设定，值介于0-1000；

  
    strand ：定义链的方向，‘‘+” 或者”-”
    thickStart ：起始位置(例如，基因起始编码位置）
    thickEnd ：终止位置（例如：基因终止编码位置）　
    itemRGB ：是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0,0), 如果itemRgb设置为‘On”, 这个RBG值将决定数据的显示的颜色。
    blockCount ：BED行中的block数目，也就是外显子数目
    blockSize：用逗号分割的外显子的大小, 这个item的数目对应于BlockCount的数目
    blockStarts ：用逗号分割的列表, 所有外显子的起始位置，数目也与blockCount数目对应

2)和gff之间的关系

   

4) 参考资源

https://en.wikipedia.org/wiki/BED_file_format