BED文件格式

Posted 2021-03-06 daxiongblog

bed文件（browse extensive data）以及gff文件（general fearture format） bed文件

第一列是染色体或者contig信息。

第二列是起始位置，从0开始。

第三列是终止位置。

第四列是bed列的名字。

第五列是score。

第六列是链方向。

第七列是基因起始。

第八列是基因终止。

第九列是RGB值。

第十列是外显子数量。

第十一列是外显子大小。

第十二列是外显子起始位置。

详解：

首先是三个要求的BED字段

1,chrom, 染色体或scafflold 的名字(eg chr3， chrY, chr2_random, scaffold0671 )

2,chromStart 染色体和scaffold的起始位置，第一个染色体的位置是0

3,chromEn 染色体和scaffold的结束位置，染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如，首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chromEnd=100, 碱基的数目是0-99

 

其次9个额外的可选BED字段是:

4,name 定义BED 的名字

5,score 0到1000的分值，如果track线在注释时属性设置为１，那么这个分值会决定现示灰度水平，数字越大，灰度越高。下面的这个表格显示Genome Browser

6,strand 定义链的‘‘+” 或者”-”

7,thickStart 开始的位置，这个特征是画thickly(例如，在开始的编码显示基因的显示

8,thickEnd 结束的位置，这个特征是画thickly例如，在结束的编码显示基因的显示　

9,itemRGB An AGB 值的形式, R, G, B (eg. 255, 0, 0), 如果track line itemRgb属性是设置为‘On”, 这个RBG 值将决定数据的显示的颜色在BED 线。　注意，　它推荐简单的颜色方案(eight color or less )是用作这个属性避免颜色资源在基因组浏览器上过多

10,blockCount BED线在exon 的block数目

11,blockSize 用逗号分割block size, 这个item的列表对应于BlockCount

12,blockStarts- 用逗号分割的列表, 所有的blockStart位置应该被计算相关于chromStart, 这个数字的项应该对应于blockCount..