FastQC的基本介绍

Posted 2023-02-25

参考技术A FastQC的基本介绍:

FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

主要参数：

主要格式：

fastqc -o outdir -t threads fastq1 fastq2 ...

运行结束后生成两个文件一个 .html网页文件，一个是 .zip压缩文件。

我们使用浏览器打开html文件，然后显示这样的：

结果介绍：

Summary信息：

# Total Sequences：指reads的数量

# %GC 指整体序列中的GC含量

# Warning 报警 如果任何碱基质量低于10,或者是任何中位数低于25

# Failure 报错 如果任何碱基质量低于5,或者是任何中位数低于20

# 该图横轴是0-40，表示Q值

# 图中四条线代表A T C G在每个位置平均含量

# 横轴是0 - 100%； 纵轴是每条序列GC含量对应的数量

# 每次测序仪测出来的长度在理论上应该是完全相等的，但是总会有一些偏差

# 当测序的长度不同时，如果很严重，则表明测序仪在此次测序不成功

# http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/3%20Analysis%20Modules/8%20Duplicate%20Sequences.html