安装Fastqc软件遇到的坑

Posted 2020-11-01 zdwu

由于之前的HPC太难用了，所以决定搬家到十楼的工作站，于是就免不了配置必要的工作环境，其中一个少不了要安装的软件是就是fastqc，因为它太常用了。

我先是用conda安装，因为conda实在是太方便了，于是命令行：conda install fastqc  后面一路yes下去搞定，果然很顺利。

可是当我准备用的时候，输入命令： fastqc，诶？居然神奇吧的出错了，错误如下：

[email protected]:~/software/FastQC$ ./fastqc 
Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
    at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
    at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
    at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

先是各种google，说是DISPLAY的设置问题，设置了一通都不成功。

于是回头看提示里跟java相关，我以为java安装有问题，所以查看了下java：

[email protected]:~/software/FastQC/Templates/Icons$ java -version
openjdk version "1.8.0_121"
OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 1.8.0_121-b15)
OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 25.121-b15, mixed mode)

java是安装了的，而且版本还很新，所以java环境应该没有问题。

又以为是conda安装有问题，所以自己安装看看：

自己按照说明安装Fastqc

[email protected]:~/software$ ls
FastQC  fastqc_v0.11.7.zip  miniconda3  ref
[email protected]:~/software$ cd FastQC/
[email protected]:~/software/FastQC$ ls
cisd-jhdf5.jar  fastqc           Help         jbzip2-0.9.jar  LICENSE_JHDF5.txt  net  README.md   RELEASE_NOTES.txt  sam-1.103.jar  uk
Configuration   fastqc_icon.ico  INSTALL.txt  LICENSE         LICENSE.txt        org  README.txt  run_fastqc.bat     Templates
[email protected]:~/software/FastQC$ chmod 755 fastqc ----设置完毕

设置完毕后，运行fastqc看结果：

[email protected]:~/software/FastQC$ ./fastqc 
Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
    at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
    at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
    at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
    at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

怎么会这样？......................

于是去群里找linux牛人，牛人看了一会之后，建议进入root 下输入如下命令：

[email protected]:~# echo $DESKTOP_SESSION

就问我说操作系统是不是没有桌面，我去问管理员，管理说是server，果然没有桌面！

原来没有安装桌面是java会报错呀！！！............

哎，既然是这个原因，就先让管理员装上图形界面吧，其它后面再说........

我至今都没搞明白为什么没有安装桌面，fastqc就不能正常运行。。。这个机理到底是神马？如果您知道麻烦请留言告诉我！