Fastqc用腻了，来试下这个R包吧

Posted 2023-02-25

参考技术A

fastqc函数，输入样品fq格式文件，输出样品的zip压缩包。

Demo数据 ：在该包的目录文件下有现成的5个样品S1-S5的zip压缩包文件，这里直接作为示例数据进行演示

生成7列信息：

查看质控状态是“Warn”或者“FAIL”的样品及模块

统计信息,查看每个模块各种状态上的样品个数

我们也可以针对模块特征去查询

直接全部样品生成报告，类似Multiqc功能。

我们也可以针对单样品生成报告,比如只生成S1样品，加上interpret= TRUE参数具有交互式。

我们都知道fastqc基本包括如下几个模块：

若我们只想快速度看其中某个模块的情况，通过 qc_plot(qc,"模块名称") 即可出图

总之该包的函数使用非常简单，花费一点点时间即可快速掌握，除了Multiqc软件，该方法其实也不失为一种备选方案。

参考： http://www.sthda.com/english/wiki/fastqcr-an-r-package-facilitating-quality-controls-of-sequencing-data-for-large-numbers-of-samples