生存分析R语言绘图——ggsuvplot介绍及实例

Posted 2023-03-21

参考技术A ggsurvplot(
fit, #生存分析结果
data = NULL, # a dataset used to fit survival curves
fun = NULL, # 定义生存曲线转换的任意函数。 经常使用的转换可以用字符参数指定:“event”绘制累积事件(f(y) = 1-y)，“cumhaz”绘制累积风险函数(f(y) = -log(y))，“pct”以百分比表示生存概率。
color = NULL, #曲线颜色
palette = NULL, #颜色调色板，可选调色板有 "grey","npg","aaas","lancet","jco", "ucscgb","uchicago","simpsons"和"rickandmorty".
linetype = 1, #线条形状，可以用数值型向量1，2表示，也可以用字符串向量c("solid", "dashed").
conf.int = FALSE, #是否画出置信区间
pval = FALSE, #是否显示P值
pval.method = FALSE, #是否添加计算P值得方法得文本，前提是pval = TRUE
test.for.trend = FALSE, #默认是F，如果TURE，返回trend Pvalues检验。 趋势检验旨在检测生存曲线的有序差异。 也就是说，至少对一个群体来说。 只有组数为> 2时，才能进行趋势测试。
surv.median.line = "none", #画一条水平或者垂直得生存中位值线，允许的值有c("none", "hv", "h", "v"). v: 垂直vertical, h:水平horizontal.
risk.table = FALSE, #是否显示风险table。其他值有absolute" or "percentage",显示绝对数值/百分比；参数"abs_pct" ,百分比以及绝对数值都显示

cumevents = FALSE, # logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of events.
cumcensor = FALSE, #logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of censoring.
tables.height = 0.25, #设置table得高度，取值范围0-1
group.by = NULL, #包含分组变量名称得字符串向量。长度<=2
facet.by = NULL, #一个字符向量，包含将生存曲线分成多个面板的分组变量的名称。
add.all = FALSE, #一个逻辑值。 如果为TRUE，则在主图中添加合并患者(null model)的生存曲线。
combine = FALSE, # a logical value. If TRUE, combine a list survfit objects on the same plot.
ggtheme = theme_survminer(), #主题名称
tables.theme = ggtheme, #主题名称，默认是theme_survminer.
... #后面描述的参数和其他参数将被传递给ggplot2 geom_*()函数，如linetype, size, ii)或ggpar()函数来定制图形。 看到的细节部分
)