单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图

Posted 2023-05-04

参考技术A

单细胞系列已经说了很多关于基因可视化的方法了。

单细胞基因可视化之小提琴图

单细胞基因个性化作图之气泡图

单细胞基因可视化之热图改造修饰1

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

单细胞基因可视化之UMAP图修饰

这里对于可视化进行一点补充。

1、密度图

Nebulosa是一个基于核密度估计的R软件包，用于可视化单个细胞的数据。做密度图可视化的一个重要的作用是，可以筛选鉴定某些基因双阳的细胞群。可以看到，我们能够看到CD4阳性的细胞、CD8阳性的细胞，还能显示双阳的细胞在哪，可以说是对seurat的一个拓展，还是比较实用的。

2、等高线图

这个图本身并没有啥太大的意义，完全是之前有人问我见到文章中有这个图如何做，只需要加等高线即可。

至此，我觉得对于单细胞基因可视化的方式已经是很全面了，按照自己的风格和需要进行作图，应该是很完美了。

热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异

参考技术A

近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。

首先构建作图数据，我们用最“笨”的办法吧，分别找出不同细胞类型下，两组之间（GM， BM）的差异基因，这里设置阈值为0，让所有基因都保留下来。然后设置需要查看或者展示的基因，分别在各个差异基因文件中提取这些基因的表达数据，我们需要的数据是ptc1和ptc2这两列，分别对应两个分组。最后将所有细胞差异基因中提取的数据进行合并就可以作图。

热图的做法很简单，参考我们之前的系列：

画热图只标注感兴趣的基因名称

热图2：分组聚类，让热图分裂

热图3：热图行列分组信息注释

热图4：ComplexHeatmap画复杂热图行列注释

我们可以直接用pheatmap来画，但是区别在于需要将每个基因在细胞中的表达数值显示在热图上，只需要加display_numbers = TRUE参数即可。

最后导出pdf图片，用AI修饰一下即可。

当然ComplexHeatmap包的Heatmap函数也是适用的。如果需要进行更多的修饰和改造也是可以的。（ 补充：之前的热图系列没有说到一个问题就是ComplexHeatmap做热图之后的legend标题的问题，自动显示的是matrix，而且每画一次，就在后面加数字，有很多小伙伴有这个疑问。其实在他的参数heatmap_legend_param 中是可以定义标题和legend位置的。 ）

最后修饰修饰成为一个可发表的图片。

这个热图还是挺实用的，有需要示例数据的小伙伴可在我的公众号《KS科研分享与服务》----联系作者索取数据，记得在公众号后台留下您的邮箱！