单细胞注释-marker参考

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了单细胞注释-marker参考相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

参考技术A A Guide to T Cell Markers
A Guide to Regulatory T Cell Markers
A Guide to B Cell Markers
A Guide to NK Cell Markers
A Guide to Dendritic Cell Markers
A Guide to Monocyte Markers
A Guide to Macrophage Markers
A Guide to Neutrophil Markers

单细胞数据库汇总

单细胞技术在飞速发展,随着数据的积累,对应的数据库也相应出现。

 

CellMarker - 总结了目前的celltype对应的marker,同时给出了数据的文献链接。
Mouse Cell Atlas - 2017年Nature文章,相当于把整个小鼠都测了,得到了一大堆的10x数据,郭国冀。
PanglaoDB - 人鼠单细胞数据库,比较全面。
signatureDB - B cell数据库

 

其他的:

google一下一大堆

其实价值都不大

 

Single Cell Portal - Broad Institute

Single Cell Expression Atlas - EMBL-EBI

CancerSEA: a cancer single-cell state atlas


A web server for comparative analysis of single-cell RNA-seq data
SCPortalen: Single-cell centric database
Single Cell RNA-seq Gene Expression Data


 

以上是关于单细胞注释-marker参考的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

一文解决单细胞亚群注释的所有问题

单细胞PBMC经典细胞类型marker

腾讯研究成果登《Nature》子刊:高泛化性稳定性可解释性单细胞注释模型

单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图

标记注释与标记接口

单细胞SingleR鉴定细胞类型