找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
参考技术A 单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后，得到cluster，如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析需要R包：Seurat、clusterProfiler、ggplot2
GO/KEGG功能富集分析及气泡图
何为功能富集分析？
功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。
何为GO和KEGG？
为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（京都基因与基因组百科全书，KEGG）。
其中，GO是基因本体论联合会建立的一个数据库，旨在建立一个适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的、并能够随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO注释分为三大类：分子生物学功能（Molecular Function，MF）、生物学过程（Biological Process，BP）和细胞学组分（Cellular Components，CC），通过这三个功能大类，对一个基因的功能进行多方面的限定和描述。
而KEGG，大多数人会将其当做一个基因通路（Pathway）的数据库，其实KEGG的功能远不止于此。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。KEGG下属4个大类和17个子数据库，而其中有一个数据库叫做 KEGG Pathway，专门存储不同物种中基因通路的信息，也是用的最多的一个，久而久之，KEGG被大家当做一个通路数据库了。
下面两个图展示了GO和KEGG Pathway的面貌。
如何做功能富集分析？
做功能富集分析的算法有很多，能够做功能富集分析的工具也非常多，见下面的列表
Funrich 也可以做功能富集分析
以上的工具中，DAVID最为常用也最为权威。DAVID是由美国Leidos生物医学研究公司的LHRI团队开发的一个在线基因注释及功能富集网站（https://david.ncifcrf.gov/）
使用DAVID做功能富集分析
以上是关于找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章