GC depth: GC含量和测序深度

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了GC depth: GC含量和测序深度相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

参考技术A

1 相关概念

GC depth分布图可以看出测序是否有明显的GC偏向。如果存在样品污染,通常能够从GC含量分析中呈现出来,出现独立的序列簇,类似Bin。

2 计算碱基depth

3 计算GC depth

samtools stats
地址: http://www.htslib.org/doc/samtools-stats.html

metabat2所带程序

4 GC depth

GC content可以自己写脚本计算: python:计算fasta的GC含量
利用GC depth数据可对组装序列可视化(bin着色)

数据

ggplot geom_point

来自参考

第二参考给的图如上,如果其中有独立序列簇,应该可以认为是存在生物污染。在meta Bin分析中一个微生物一般是相对独立的簇。

更多阅读:
测序数据的深度、覆盖度等计算
GCdepth散点图绘制

python:计算fasta的GC含量

参考技术A fasta文件、格式就不多说了

😀😀

以上是关于GC depth: GC含量和测序深度的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

计算测序深度和覆盖度

理论 简述RPKM,FPKM,TPM

python:计算fasta的GC含量

三代测序技术简介

双目视觉深度——GC-Net算法详解 / Cost Volume模块详解

生信笔记2-fastqc的安装和使用