GC depth: GC含量和测序深度
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了GC depth: GC含量和测序深度相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
参考技术A1 相关概念
GC depth分布图可以看出测序是否有明显的GC偏向。如果存在样品污染,通常能够从GC含量分析中呈现出来,出现独立的序列簇,类似Bin。
2 计算碱基depth
3 计算GC depth
samtools stats
地址: http://www.htslib.org/doc/samtools-stats.html
metabat2所带程序
4 GC depth
GC content可以自己写脚本计算: python:计算fasta的GC含量
利用GC depth数据可对组装序列可视化(bin着色)
数据
ggplot geom_point
来自参考
第二参考给的图如上,如果其中有独立序列簇,应该可以认为是存在生物污染。在meta Bin分析中一个微生物一般是相对独立的簇。
更多阅读:
测序数据的深度、覆盖度等计算
GCdepth散点图绘制
python:计算fasta的GC含量
参考技术A fasta文件、格式就不多说了😀😀
以上是关于GC depth: GC含量和测序深度的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章