python：计算fasta的GC含量

Posted 2023-03-27

参考技术A fasta文件、格式就不多说了

😀😀

GC depth: GC含量和测序深度

参考技术A

1 相关概念

GC depth分布图可以看出测序是否有明显的GC偏向。如果存在样品污染，通常能够从GC含量分析中呈现出来，出现独立的序列簇，类似Bin。

2 计算碱基depth

3 计算GC depth

samtools stats
地址： http://www.htslib.org/doc/samtools-stats.html

metabat2所带程序

4 GC depth

GC content可以自己写脚本计算： python：计算fasta的GC含量
利用GC depth数据可对组装序列可视化（bin着色）

数据

ggplot geom_point

来自参考

第二参考给的图如上，如果其中有独立序列簇，应该可以认为是存在生物污染。在meta Bin分析中一个微生物一般是相对独立的簇。

更多阅读：
测序数据的深度、覆盖度等计算
GCdepth散点图绘制