基因家族分析(4)ggtree绘制高端进化树

Posted 2023-04-19

参考技术A 先绘制出树的主干

根据节点信息给分组添加背景颜色

添加置信度信息

怎么用ncbi构建不同物种的进化关系

参考技术A 1、打开NCBIgene数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/）。将所要查询的基因名称输进去即可。选择对应物种，例如此处分析人，选择Homosapiens，选择要分析的序列，本文分析蛋白序列，点击NP链接，若要分析mRNA序列，点NM即可。
2、转进来后点击FASTA后即可看到该基因的蛋白序列，通过右上方sendto发送至本地保存为fasta格式。
3、然后将5个基因蛋白序列合在一个fasta格式文件。具体合并就是把文件用文本打开，然后粘贴到一起就行。注意：所有序列的方向都要保持一致。接下来我们进行序列比对，在Alignment里面有AlignmentbyClustalW和Muscle两个选项。其中ClustalWClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件，基本原理是首先做序列的两两比对,根据该两两比对计算两两距离矩阵,然后用NJ或者UPGMA方法构建Binary进化树作为guidetree。这就是用ncbi构建不同物种的进化关系的方式。