R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作

Posted 2023-04-19

参考技术A 现在假设你已经拿到了nwk格式的进化树文件，如下

现在进化树的所有信息都存储在了 tree 这个变量里

用到的的 geom_tiplab()

可以首先加上 theme_tree2() 函数显示出坐标轴范围，然后用 xlim() 函数更改坐标轴范围

这里布局的参数就不一一介绍了，可以参考 https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter4.html

R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果

参考技术A 那么圆形的树状图如何实现呢？我查找了一下相关资料。
R语言包 dendextend 这个包可以实现，利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档，能够看到其中的一个小例子

但是这个后期美化起来好像不太方便。

还找到了一个参考链接是
http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html

介绍的也是 dendextend 这个包的用法。

这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果

把树的形状改为圆形，添加样本的名称

鸢尾花数据集是150个样本，用圆形的图看下效果

最终的结果是

这里关于最外圈文本位置的调整，我还的再仔细看看，这里出图后位置不太合适，我是手动调整的！