R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标

Posted 2021-04-18 拓端数据部落

原文链接：http://tecdat.cn/?p=6095

读取样本数据

D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D)## [1] 416 7

查询部分数据（结果和预测因子）

head(D)
## time status age albumin edema protime bili## 1 400 1 58.76523 2.60 1.0 12.2 14.5## 2 4500 0 56.44627 4.14 0.0 10.6 1.1## 3 1012 1 70.07255 3.48 0.5 12.0 1.4## 4 1925 1 54.74059 2.54 0.5 10.3 1.8## 5 1504 0 38.10541 3.53 0.0 10.9 3.4## 6 2503 1 66.25873 3.98 0.0 11.0 0.8

模型0和模型1的结果数据和预测变量集

outcome=D[,c(1,2)]covs1<-as.matrix(D[,c(-1,-2)])covs0<-as.matrix(D[,c(-1,-2, -7)])
head(outcome)## time status## 1 400 1## 2 4500 0## 3 1012 1## 4 1925 1## 5 1504 0## 6 2503 1head(covs0)
## age albumin edema protime## 1 58.76523 2.60 1.0 12.2## 2 56.44627 4.14 0.0 10.6## 3 70.07255 3.48 0.5 12.0## 4 54.74059 2.54 0.5 10.3## 5 38.10541 3.53 0.0 10.9## 6 66.25873 3.98 0.0 11.0head(covs1)
## age albumin edema protime bili## 1 58.76523 2.60 1.0 12.2 14.5## 2 56.44627 4.14 0.0 10.6 1.1## 3 70.07255 3.48 0.5 12.0 1.4## 4 54.74059 2.54 0.5 10.3 1.8## 5 38.10541 3.53 0.0 10.9 3.4## 6 66.25873 3.98 0.0 11.0 0.8

推理  

t0=365*5x<-IDI (outcome, covs0, covs1, t0,npert=200) ;

输出 

## Est. Lower Upper p-value## M1 0.090 0.052 0.119 0## M2 0.457 0.340 0.566 0## M3 0.041 0.025 0.062 0

M1表示IDI

M2表示NRI

M3表示中位数差异

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