机器学习算法之——隐马尔可夫(Hidden Markov ModelsHMM)原理及Python实现

Posted 2021-04-06 生信逻辑

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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了机器学习算法之——隐马尔可夫(Hidden Markov ModelsHMM)原理及Python实现相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

机器学习算法之——隐马尔可夫(Hidden Markov ModelsHMM)原理及Python实现

前言

上星期写了Kaggle竞赛的详细介绍及入门指导，但对于真正想要玩这个竞赛的伙伴，机器学习中的相关算法是必不可少的，即使是你不想获得名次和奖牌。那么，从本周开始，我将介绍在Kaggle比赛中的最基本的也是运用最广的机器学习算法，很多项目用这些基本的模型就能解决基础问题了。

今天我们开始介绍隐马尔可夫模型(Hidden Markov Models,HMM)，本模型的先学模型是马尔科夫模型，如果是基础学习者，请参看该链接：马尔可夫模型 jiqizhixin.com/graph/te。

1 概述

隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）是结构最简单的动态贝叶斯网，这是一种著名的有向图模型，主要用于时序数据建模（语音识别、自然语言处理等）。

假设有三个不同的骰子（6面、4面、8面），每次先从三个骰子里选一个，每个骰子选中的概率为1/3，如下图所示，重复上述过程，得到一串数字[1 6 3 5 2 7]。这些可观测变量组成可观测状态链。

同时，在隐马尔可夫模型中还有一条由隐变量组成的隐含状态链，在本例中即骰子的序列。比如得到这串数字骰子的序列可能为[D6 D8 D8 D6 D4 D8]。

机器学习算法之——隐马尔可夫(Hidden Markov ModelsHMM)原理及Python实现

隐马尔可夫模型示意图如下所示：

图中，箭头表示变量之间的依赖关系。在任意时刻，观测变量（骰子点数）仅依赖于状态变量（哪类骰子），“观测独立性假设”。

同时，t时刻的状态qt仅依赖于t-1时刻的状态qt-1。这就是马尔可夫链，即系统的下一时刻的状态仅由当前状态决定不依赖以往的任何状态（无记忆性），“齐次马尔可夫性假设”。

2 隐马尔可夫模型三要素

对于一个隐马尔可夫模型，它的所有N个可能的状态的集合Q={q1,q2,…,qN}，所有M个可能的观测集合V={v1,v2,…,vM}

隐马尔可夫模型三要素：

状态转移概率矩阵A，A=[aij]NxN，aij表示任意时刻t状态qi条件下，下一时刻t+1状态为qj的概率;
观测概率矩阵B，B=[bij]NxM，bij表示任意时刻t状态qi条件下，生成观测值vj的概率;
初始状态概率向量Π，Π=(π1,π2,…,πN),πi表示初始时刻t=1，状态为qi的概率。

一个隐马尔可夫模型可由λ=(A, B, Π)来指代。

3 隐马尔可夫模型的三个基本问题

（1）给定模型λ=(A, B, Π)，计算其产生观测序列O={o1,o2,…,oT}的概率P(O|λ)；
计算掷出点数163527的概率
（2）给定模型λ=(A, B, Π)和观测序列O={o1,o2,…,oT}，推断能够最大概率产生此观测序列的状态序列I={i1,i2,…,iT}，即使P(I|O)最大的I；
推断掷出点数163527的骰子种类
（3）给定观测序列O={o1,o2,…,oT}，估计模型λ=(A, B, Π)的参数，使P(O|λ)最大；
已知骰子有几种，不知道骰子的种类，根据多次掷出骰子的结果，反推出骰子的种类

这三个基本问题在现实应用中非常重要，例如根据观测序列O={o1,o2,…,oT-1,}推测当前时刻最有可能出现的观测值OT，这就转换成基本问题（1）；

在语音识别中，观测值为语音信号，隐藏状态为文字，根据观测信号推断最有可能的状态序列，即基本问题(2)；

在大多数应用中，人工指定参数模型已变得越来越不可行，如何根据训练样本学得最优参数模型，就是基本问题(3)。

4 三个基本问题的解法

基于两个条件独立假设，隐马尔可夫模型的这三个基本问题均能被高效求解。

4.1 基本问题（1）解法

4.1.1 直接计算法(概念上可行，计算上不可行)

通过列举所有可能的长度为T的状态序列I=(i1,i2,…,iT)，求各个状态序列I与观测序列O同时出现的联合概率P(I,O|λ)，然后对所有可能求和得到P(O|λ)。

状态序列I=(i1,i2,…,iT)的概率是P(I|λ)=π1a12a23…a(T-1)T

对于固定状态序列 I，观测序O=(o1,o2,…,oT)的概率P(O|I,λ)= b11b22…bTT

I 和 O同时出现的联合概率P(I,O|λ)= P(I|λ) P(O|I,λ)

然后对所有可能的 I 求和，得到P(O|λ)

这种方法计算量很大，算法不可行。

4.1.2 前向算法(forward algorithm)(t=1,一步一步向前计算)

前向概率αt(i)= P(o1,o2,…,ot,ii=qi|λ)，表示模型λ，时刻 t，观测序列为o1,o2,…,ot且状态为qi的概率。

（1）初始化前向概率

状态为qi和观测值为o1的联合概率 α1(i)=π1bi1

（2）递推t=1,2,…,T-1

根据下图，得到αt+1(i)= [Σj=1,…,Nαt(j)αji]bi(t+1)

（3）终止 P(O|λ) = Σi=1,…,NαT(i)

前向算法高效的关键是其局部计算前向概率，根据路径结构，如下图所示，每次计算直接利用前一时刻计算结果，避免重复计算，减少计算量。

4.1.3 后向算法(backward algorithm)

后向概率βt(i) = P(o1,o2,…,ot,ii=qi|λ)，表示模型λ，时刻t，从t+1到时刻T观测序列o1,o2,…,ot且状态为qi的概率。

（1）初始化后向概率

对最终时刻的所有状态为qi规定βT(i) = 1。

（2）递推t=T-1,T-2,…,1

根据下图，计算t时刻状态为qi，且时刻t+1之后的观测序列为ot+1,ot+2,…，ot的后向概率。只需考虑t+1时刻所有可能的N个状态qi的转移概率(transition probability) αij,以及在此状态下的观测概率bi(t+1),然后考虑qj之后的后向概率βt+1(j)，得到

βt(i) = Σj=1,…,Nβt+1(j)αijbi(t+1).

（3）终止 P(O|λ) = Σi=1,…,Nβ1(i)πibi1

前向算法高效的关键是其局部计算前向概率，根据路径结构，如下图所示，每次计算直接利用前一时刻计算结果，避免重复计算，减少计算量。

4.2 基本问题（2）解法

4.2.1 近似算法

选择每一时刻最有可能出现的状态，从而得到一个状态序列。这个方法计算简单，但是不能保证整个状态序列的出现概率最大。因为可能出现转移概率为0的相邻状态。

4.2.2 Viterbi算法

使用动态规划求解概率最大（最优）路径。t=1时刻开始，递推地计算在时刻t状态为i的各条部分路径的最大概率，直到计算到时刻T，状态为i的各条路径的最大概率，时刻T的最大概率即为最优路径的概率，最优路径的节点也同时得到。

如果还不明白，看一下李航《统计学习方法》的186-187页的例题就能明白算法的原理。

状态[3 3 3]极为概率最大路径。

4.3 基本问题（3）解法

4.3.1 监督学习方法

给定S个长度相同的（观测序列，状态序列）作为训练集(O1,I1)，O2,I3)，…, (Os,Is)使用极大似然估计法来估计模型参数。

转移概率αij 的估计:样本中t时刻处于状态i，t+1时刻转移到状态j的频数为αij，则

观测概率bij和初始状态概率πi的估计类似。

4.3.2 Baum-Welch算法

使用EM算法得到模型参数估计式

EM算法是常用的估计参数隐变量的利器，它是一种迭代方法，基本思想是：

（1）选择模型参数初始值；

（2） (E步)根据给定的观测数据和模型参数，求隐变量的期望；

（3） (M步)根据已得隐变量期望和观测数据，对模型参数做极大似然估计，得到新的模型参数，重复第二步。

5 Python代码实现

5.1 Baum-Welch算法的程序实现

这里提供Baum-Welch算法的代码实现。
本来打算试一下用自己写的HMM跑一下中文分词，但很可惜，代码运行的比较慢。所以改成模拟三角波以及正弦波。

# encoding=utf8

import numpy as np
import csv

class HMM(object):
 def __init__(self,N,M):
 self.A = np.zeros((N,N)) # 状态转移概率矩阵
 self.B = np.zeros((N,M)) # 观测概率矩阵
 self.Pi = np.array([1.0/N]*N) # 初始状态概率矩阵

 self.N = N # 可能的状态数
 self.M = M # 可能的观测数

 def cal_probality(self, O):
 self.T = len(O)
 self.O = O

 self.forward()
 return sum(self.alpha[self.T-1])

 def forward(self):
 """
 前向算法
 """
 self.alpha = np.zeros((self.T,self.N))

 # 公式 10.15
 for i in range(self.N):
 self.alpha[0][i] = self.Pi[i]*self.B[i][self.O[0]]

 # 公式10.16
 for t in range(1,self.T):
 for i in range(self.N):
 sum = 0
 for j in range(self.N):
 sum += self.alpha[t-1][j]*self.A[j][i]
 self.alpha[t][i] = sum * self.B[i][self.O[t]]

 def backward(self):
 """
 后向算法
 """
 self.beta = np.zeros((self.T,self.N))

 # 公式10.19
 for i in range(self.N):
 self.beta[self.T-1][i] = 1

 # 公式10.20
 for t in range(self.T-2,-1,-1):
 for i in range(self.N):
 for j in range(self.N):
 self.beta[t][i] += self.A[i][j]*self.B[j][self.O[t+1]]*self.beta[t+1][j]

 def cal_gamma(self, i, t):
 """
 公式 10.24
 """
 numerator = self.alpha[t][i]*self.beta[t][i]
 denominator = 0

 for j in range(self.N):
 denominator += self.alpha[t][j]*self.beta[t][j]

 return numerator/denominator

 def cal_ksi(self, i, j, t):
 """
 公式 10.26
 """

 numerator = self.alpha[t][i]*self.A[i][j]*self.B[j][self.O[t+1]]*self.beta[t+1][j]
 denominator = 0

 for i in range(self.N):
 for j in range(self.N):
 denominator += self.alpha[t][i]*self.A[i][j]*self.B[j][self.O[t+1]]*self.beta[t+1][j]

 return numerator/denominator

 def init(self):
 """
 随机生成 A，B，Pi
 并保证每行相加等于 1
 """
 import random
 for i in range(self.N):
 randomlist = [random.randint(0,100) for t in range(self.N)]
 Sum = sum(randomlist)
 for j in range(self.N):
 self.A[i][j] = randomlist[j]/Sum

 for i in range(self.N):
 randomlist = [random.randint(0,100) for t in range(self.M)]
 Sum = sum(randomlist)
 for j in range(self.M):
 self.B[i][j] = randomlist[j]/Sum

 def train(self, O, MaxSteps = 100):
 self.T = len(O)
 self.O = O

 # 初始化
 self.init()

 step = 0
 # 递推
 while step<MaxSteps:
 step+=1
 print(step)
 tmp_A = np.zeros((self.N,self.N))
 tmp_B = np.zeros((self.N,self.M))
 tmp_pi = np.array([0.0]*self.N)

 self.forward()
 self.backward()

 # a_{ij}
 for i in range(self.N):
 for j in range(self.N):
 numerator=0.0
 denominator=0.0
 for t in range(self.T-1):
 numerator += self.cal_ksi(i,j,t)
 denominator += self.cal_gamma(i,t)
 tmp_A[i][j] = numerator/denominator

 # b_{jk}
 for j in range(self.N):
 for k in range(self.M):
 numerator = 0.0
 denominator = 0.0
 for t in range(self.T):
 if k == self.O[t]:
 numerator += self.cal_gamma(j,t)
 denominator += self.cal_gamma(j,t)
 tmp_B[j][k] = numerator / denominator

 # pi_i
 for i in range(self.N):
 tmp_pi[i] = self.cal_gamma(i,0)

 self.A = tmp_A
 self.B = tmp_B
 self.Pi = tmp_pi

 def generate(self, length):
 import random
 I = []

 # start
 ran = random.randint(0,1000)/1000.0
 i = 0
 while self.Pi[i]<ran or self.Pi[i]<0.0001:
 ran -= self.Pi[i]
 i += 1
 I.append(i)

 # 生成状态序列
 for i in range(1,length):
 last = I[-1]
 ran = random.randint(0, 1000) / 1000.0
 i = 0
 while self.A[last][i] < ran or self.A[last][i]<0.0001:
 ran -= self.A[last][i]
 i += 1
 I.append(i)

 # 生成观测序列
 Y = []
 for i in range(length):
 k = 0
 ran = random.randint(0, 1000) / 1000.0
 while self.B[I[i]][k] < ran or self.B[I[i]][k]<0.0001:
 ran -= self.B[I[i]][k]
 k += 1
 Y.append(k)

 return Y



def triangle(length):
 '''
 三角波
 '''
 X = [i for i in range(length)]
 Y = []

 for x in X:
 x = x % 6
 if x <= 3:
 Y.append(x)
 else:
 Y.append(6-x)
 return X,Y



def show_data(x,y):
 import matplotlib.pyplot as plt
 plt.plot(x, y, 'g')
 plt.show()

 return y


if __name__ == '__main__':
 hmm = HMM(10,4)
 tri_x, tri_y = triangle(20)

 hmm.train(tri_y)
 y = hmm.generate(100)
 print(y)
 x = [i for i in range(100)]
 show_data(x,y)