R语言 热图-组学分组数据+归一化

Posted 2023-05-11

参考技术A R语言 热图-组学分组数据+归一化

Windows 10
R-4.0.4
R Studio: Version 1.2.1335

输入下列指令，从CSV文件导入数据，出去表头，为（6+6+6）*85矩阵数据，赋给test1变量
test1 <-read.csv("C:/Users/Administrator/Desktop/YsJ/sz/zzwkP1.csv",header=TRUE)
输入 test1 显示下列

输入如下指令,归一化矩阵数据，并赋值回来
test1 <- scale(test1)
结果如下图

输入如下指令
pheatmap(test1)

R 聚类热图-数据的标准化

参考技术A 最近一直在学习转录组分析，在绘制差异表达基因热图的时候遇到了个坑？我发现的做出来的热图和别人不一样。如下图所示，图1是我的，图2是别人家的。

怎么解决呢？直接取对数吗？

如果对表达量去一下log10，发现10000变成了4，10变成了1，这样之前离散程度很大的数据就被集中了。

聚类分析中均一化是如何计算的？
表达矩阵每行数据的各个数值减去每行数据的均值，再除以每行数据的标准差。

详细的数据规范化（归一化）、及Z-score标准化可参考教程 https://blog.csdn.net/weixin_38706928/article/details/80329563

关于R环境搭建可参考教程， 【R语言入门】R语言环境搭建 -

绘制热图

通过一些数学函数，将原始值进行映射。该方法包括log、指数、正切等。当变量是正偏态分布的时候，选用log对数。是否取对数可根据自己的需求。

ps:生信小白一枚。内容仅供参考，和谐交流 ，欢迎大佬指导，也欢迎大家一起学习。