重复一篇文献的GWAS（二）：用GEMMA跑GWAS
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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了重复一篇文献的GWAS（二）：用GEMMA跑GWAS相关的知识，希望对你有一定的参考价值。
参考技术A 上一篇写的是： 重复一篇文献的GWAS（一）：基因型数据整理
这一篇主要讲GWAS的核心流程和画图。
软件使用参考：
使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)
https://www.jianshu.com/p/d31404620c9b
github
https://github.com/genetics-statistics/GEMMA
https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/blob/master/doc/manual.pdf
以上几个文件格式需要熟悉一下。
前面没有输入表型信息，172sample_maf_filter_snpID_LD_filter.ped文件和clean_snp.fam文件的第6列都是-9，默认值。所有样本的表型值在文献补充材料中都能找到，注意样本顺序替换表型值即可。
混合线性模型既考虑了群体分层，也考虑了样本之间的关系。
上述GWAS.assoc.txt文件就是我们需要的结果，可以用来做判断以及画图。但是p值应该如何确定呢？
Bonferroni-corrected ：0.05除以标记数，以此作为显著水平线。原文是1.5E-07，我这里是1.49E-07。换句话说就是，原来的p值乘以标记数仍然能小于0.05的就符合要求。
使用rMVP包
会生成GWAS分析的所有数据文件，以及PCA作图的文件
读取这些文件
运行程序，此处计算方差组分的方法是"EMMA"
我将两次（一次是严格按照文献步骤--GEMMA软件，一次是用MVP包--EMMA算法）的结果取top 100 SNPs看交集，可以看到70%的重叠。我认为这个重叠还算合理，所以觉得我前面的分析问题不大，和原文献有差别的原因可能是：①19样本缺失；②根据LD过滤后余下的SNP有差异（因为对于原文找到的top SNPs来看，在我过滤得到的335.6K的SNP中基本找不到）
接下来画图。
文献中，关于GWAS这一块的图有：①所有样本地理位置与种子大小的图；②样本表型值的概率密度图与直方图；③曼哈顿图；④top SNPs的累积效应图。
①、④还没有画过，有时间补一下；②之前写过—— 正态分布检验 ，QQ图的原理也在这一篇中写过；这里画一下曼哈顿图和QQ图。
曼哈顿图、QQ图
GWAS文献基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因
发表期刊杂志：nature biotechnology
影响因子：41.514
发表时间：2015年2月
发表单位：中科院遗传与发育生物学研究所
一、 研究取材
62株野生大豆、130株地方种和110个驯化品种构建的一个自然群体
二、 方法流程
Illumina HiSeq 2000 测序平台，测序文库300bp,样本平均测序深度达到11X
三、 生物信息学分析
群体结构分析、选择清除分析、重要性状的全基因组关联分析
四、 研究结果
1）使用BWA软件将原始数据与参考基因组进行比对，使用samtools将sam格式转化为bam,使用picard软件去掉Duplicated reads。
2）SNP calling使用GATK和samtools,取两者结果的交集。对于GATK参数设置：-stand_call_conf 30。MAF设置为0.01。
3） Indel calling类似于SNP calling,使用GATK的UnifiedGenotyper程序，起参数设置为-glm INDEL，只考虑6bp范围内的缺失和插入。
4）SNP注释使用的软件为ANNOVAR。SNP被注释到内含子(overlap- ping with an intron)、外显子、基因间区，可变剪切位点(within 2 bp of a splicing junction)、5′UTRs 、3′UTRs,, upstream and downstream regions (within a 1 kb region upstream or downstream from the transcription start site).注释在外显子区域的SNP又分为同义和非同义突变。注释到外显子的Indel又分为移码突变和非移码突变。
5）群体结构分析中，PCA使用的是EIGENSOFT 4.2 的smartpca 程序，neighbor-joining tree 使用PHYLIP 3.68软件。结构分层使用FRAPPE，其中k值选取2到7.连锁不平衡分析使用plink软件。关联分析使用的GAPIT 分析软件。
以上是关于重复一篇文献的GWAS（二）：用GEMMA跑GWAS的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章