limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图

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参考技术A

不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。
差异表达分析方法包括:
基于Read数目: DESeq、limma和edgeR;
基于组装技术: Cuffdif和Ballgown;
基于免比对的定量方法(kallisto、Salmon、Salfish): sleuth。

用的是rsem的count文件

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差异表达edgeR,limma(下)

R语言DESeq2基因差异表达分析

差异表达edgeR,limma(上)

差异表达1|edgeR和DeSeq2

转录组差异分析流程三大R包比较

DEseq2差异表达分析