R：基于组的颜色的热图，灰色的 NA 值和包含的字符

Posted 2023-02-16

【中文标题】R：基于组的颜色的热图，灰色的 NA 值和包含的字符

【英文标题】：R: Heatmap with colour based on groups, NA values in grey and characters included

【发布时间】：2020-12-11 13:23:25

【问题描述】：

我正在尝试使用 ggplot 和 geom_tile 创建热图。填充颜​​色基于我的 x 值和基于值的 alpha。基于小例子（左），我希望我的情节看起来与这个例子（右）相似。 两个问题：

我的 alpha 刻度上的字符元素出现错误 - 是否可以将它们视为 NA/忽略它们？ 实际 NA 值的颜色与其所属组的颜色相同，而不是全部填充灰色。

真正的数据要大得多，并且包含方面。希望这不会弄乱任何可能的解决方案。 这是我的示例数据集和我的（半工作）代码：

X <- rep(st, each=3)
Y <- rep(st, times=3)

Values<- c('Apple', 2,3,NA, "Banana", 3,1,2,"Pear")

Data <- data.frame(X,Y,Values)

ggplot(Data, mapping = aes(x=X, y=Y, fill=X, 
                           alpha=Values # excluding this part I get a result, just not as I want it
       )) + 
  geom_tile(colour="white") +
  ylab("Y") + 
  xlab("X")+
  scale_fill_manual("Assay", 
                    values = c( 'red', 'yellow', 'green'),
                    na.value = 'grey')+
  scale_alpha("Value", na.value = 0.02)+
  ggtitle("Results Summary")+       
  theme( strip.text.y.left = element_text(angle = 0))+
  geom_text(label=Data$Values)

提前感谢您的帮助:)

【参考方案1】：

您的第一个问题可以通过将Values 转换为数字来解决，即将as.numeric(Values) 映射到alpha。

关于第二个问题。当您在填充上映射X 时，瓷砖根据X 着色。如果您想以不同方式填充 NA 以及 X==Y 的图块，则必须相应地定义填充颜色。为此，我的方法在 df 中添加了一个列 fill 并使用了 scale_fill_identity。

请注意，我将alpha 和fill 移动到geom_tile，这样它们就不会传递给geom_text...

...并按照@AllanCameron 的建议，我颠倒了“Y”的顺序，以便绘图符合您想要的输出。

library(ggplot2)
library(dplyr)

X <- rep(c('Apple', "Banana", "Pear"), each=3)
Y <- rep(c('Apple', "Banana", "Pear"), times=3)
Y <- factor(Y, levels = c("Pear", "Banana", "Apple"))

Values<- c('Apple', 2,3,NA, "Banana", 3,1,2,"Pear")

Data <- data.frame(X,Y,Values)
Data <- Data %>% 
  mutate(fill = case_when(
    is.na(Values) ~ "grey",
    X == Y ~ "white",
    X == "Apple" ~ "red",
    X == "Banana" ~ "yellow",
    X == "Pear" ~ "green"
  ))

ggplot(Data, mapping = aes(x=X, y=Y)) + 
  geom_tile(aes(fill=fill, alpha=as.numeric(Values)), colour="white") +
  ylab("Y") + 
  xlab("X")+
  scale_fill_identity("Assay") +
  scale_alpha("Value")+
  ggtitle("Results Summary")+       
  theme(strip.text.y.left = element_text(angle = 0))+
  geom_text(aes(label=if_else(!is.na(Values), Values, "NA")))
#> Warning in FUN(X[[i]], ...): NAs introduced by coercion

【讨论】：

谢谢@AllanCameron。遵循您的建议并相应地编辑了我的代码。最佳 S.

谢谢你们，这太完美了！