R热图：将颜色分配给值

Posted 2023-02-16

【中文标题】R热图：将颜色分配给值

【英文标题】：R heatmap: assign colors to values

【发布时间】：2021-09-18 16:20:20

【问题描述】：

我在 R 图表库 (https://www.r-graph-gallery.com/79-levelplot-with-ggplot2.html) 中找到了以下 R 代码作为热图并稍作修改：

# Library
library(ggplot2)

set.seed(10)

# Dummy data
x <- LETTERS[1:20]
y <- paste0("var", seq(1,20))
data <- expand.grid(X=x, Y=y)
data$Z <- runif(400, -1, 2)

print (data)

# Heatmap 
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) + 
  geom_tile(color = "white",
            lwd = 0.5,
            linetype = 1)

我的问题：我有三列的值从 -1 到 2。现在我想为这些值分配定义的颜色，f.e.如下： -1：红色，0：绿色，1：黄色，2：蓝色。

有没有办法使用 geom_tile 函数来解决我的问题？

谢谢！

【参考方案1】：

如果你想有离散的区间和比例，你应该把df$Z的值换成整数因子，然后用scale_fill_manual得到想要的配色方案。

data$Z <- factor(round(data$Z))

# Heatmap 
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) + 
    geom_tile(color = "white",
              lwd = 0.5,
              linetype = 1)+
    scale_fill_manual(values = c('red', 'green', 'yellow', 'blue'))

#or simply

ggplot(data, aes(X, Y, fill= factor(round(data$Z)))) + 
    geom_tile(color = "white",
              lwd = 0.5,
              linetype = 1)+
    scale_fill_manual(values = c('red', 'green', 'yellow', 'blue'), name = 'Z')

要将 Z 值转换为字符串，您可以使用：

library(plyr)

data$Z <- factor(round(data$Z))

ata$Z <- revalue(data$Z, c('-1'='negative'))
data$Z <- revalue(data$Z, c('0' = 'no'))
data$Z <- revalue(data$Z, c('1' = 'yes'))
data$Z <- revalue(data$Z, c('2' = 'other'))

# Heatmap 
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) + 
    geom_tile(color = "white",
              lwd = 0.5,
              linetype = 1)+
    scale_fill_manual(values = c('red', 'green', 'yellow', 'blue'), name = 'Z')

【讨论】：

嗨！非常感谢您的更新。不幸的是，我收到错误“提供给离散比例的连续值”。我做错了什么？另一个问题：我喜欢您的图例的类型（没有渐变，但有明显的中断），但是您如何才能真正将值分配给更改后的标签-MrFlick 是这样做的：breaks=c(-1, 0, 1, 2) ，颜色=c（“红色”，“绿色”，“黄色”，“蓝色”）。您可以将其应用于您的代码吗？谢谢！

嗨 MDstat！您必须将data$Z 转换为因子以避免此错误。尝试在控制台中运行代码，尤其是第二部分。这一步是scale_fill_manual 正常工作所必需的。

嗨！谢谢 - 这显然是我的错误 - 它有效。如果您有时间，您可以评论一下我关于将值直接分配给颜色的最后一个问题吗？如何将代码 "breaks=c(-1, 0, 1, 2), colors=c("red","green","yellow","blue")" 应用于您的解决方案？非常感谢！

如果将Z 的值转换为不需要定义breaks 的因子。中断仅用于连续值。因素不需要休息，你应该使用scale_fill_manual

感谢您的回答 - 一切都很清楚。我将您的答案标记为成功！但我还有一个问题——如果你有时间，你能再帮我一次吗？我对这个主题发表了另一个回复，因为我的新代码超出了字符限制...

【参考方案2】：

您可以为此使用scale_gradient_n

ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) + 
  geom_tile(color = "white",
            lwd = 0.5,
            linetype = 1) + 
  scale_fill_gradientn(breaks=c(-1, 0, 1, 2), colors=c("red","green","yellow","blue"))

这些颜色似乎产生了相当的视觉效果

【讨论】：

谢谢 - 它有效。现在我只需要更改图例中的标签 - 比如：-1 = 否定，0 = 否，1 = 是，2 = 其他有没有可能？