3 列 CSV，到邻接矩阵，到网络图，到 Arcplot

Posted 2023-02-24

【中文标题】3 列 CSV，到邻接矩阵，到网络图，到 Arcplot

【英文标题】：3 column CSV, to adjacency matrix, to networkgraph, to Arcplot

【发布时间】：2016-05-15 21:12:10

【问题描述】：

我正在尝试将具有 3 列的 CSV 转换为弧形图。列 - A、B、C 始终按 A -> B -> C 的顺序排列。但是，我没有看到将其实现为弧图的方法，因为似乎大多数方法都使用了两列边缘图。因此，我一直按照说明here 转换为邻接矩阵。

我将在下面重新创建问题 - 但不生成虚假数据，因为一个问题是 CSV 可能无法正确读取。

基本上，CSV 包含行，其中每一列由, 分隔，但可能包含多个由; 分隔的值，例如：

ENV;MO,echoic;tact,social 
ENV;MO,mand,physical
OVB,intraverbal,social
ENV;OVB,tact,social
OVB,intraverbal;tact,social
OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,social
OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,physical;social
ENV;MO,mand,social;physical

我正在尝试以下操作，以便在移动到弧形图之前完成一些网络绘图：

options(stringsAsFactors = F)
lst <- read.csv("abc.csv", header=FALSE)

#this is pretty much straight from the link above
d <- do.call(rbind, lst)
edges <- rbind(d[ ,1:2], d[ ,2:3])
g <- graph.data.frame(edges, directed=TRUE)
adj <- as.matrix(get.adjacency(g)) 
g2 <- new("graphAM", adjMat=adj, edgemode="directed")
plot(g2, attrs = list(graph = list(rankdir="LR"), node = list(fillcolor = "lightblue")))

结果几乎不是我所希望的。而不是来自A 列的元素指向B 指向C。相反，它只是 A 指向自身的一个元素；来自B 的一个指向另一个指向另一个，例如intraverbal -> mand -> intraverbal； tact，一个来自C，指向自身，另一个来自C。

附录：给定A -> B -> C 格式，一行如

OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,social

表示

A(OVB&ENV&MO) -> B(intraverbal&mand) -> C(social)

虽然它可能超出了问题的范围，但最终目标将是类似于此处描述的弧形图 PDF guide to arcplots in R

【问题讨论】：

不确定用“;”分隔的多个值...例如第一行应该变成：ENV->echoic->social + ENV->tact->social + MO->echoic->social + MO->tact->social 对吗？

应该是 ENV/MO -> echoic/tact -> social A 列有 ENV、MO 或 OVB 的某种组合； B 列是机智、命令、回声或口头语言的某种组合； C 栏社会，身体，或社会/身体或身体/社会。 FWIW 替换 ';'使用 '-' 给出相同的结果

FWIW - 我刚刚发现换行符有问题！我使用了 dos2unix 并在每个列值周围添加了引号。我会看看这是否有帮助。

【参考方案1】：

不确定这是否是您想要的。不过你可以试试：

require(igraph)
df[]<-lapply(df,strsplit,";")
el<-as.matrix(do.call(rbind,apply(df,1,expand.grid)))
g<-graph_from_edgelist(rbind(el[,-3],el[,-1]))
plot(g)

数据

df<-structure(list(V1 = c("ENV;MO", "ENV;MO", "OVB", "ENV;OVB", "OVB", 
"OVB;ENV;MO", "OVB;ENV;MO", "ENV;MO"), V2 = c("echoic;tact", 
"mand", "intraverbal", "tact", "intraverbal;tact", "intraverbal;mand", 
"intraverbal;mand", "mand"), V3 = c("social", "physical", "social", 
"social", "social", "social", "physical;social", "social;physical"
)), .Names = c("V1", "V2", "V3"), row.names = c(NA, -8L), class = "data.frame")

【讨论】：

我不一定要拆分';'联合价值观 - 但它看起来很棒。我会试一试，然后回复你。

不知道您是否希望多个值成为图形的单个节点。如果是这样的话，从我回答的df开始，也许graph_from_edgelist(rbind(as.matrix(df)[,-3],as.matrix(df[,-1])))就足够了。

生成的图像有点密集 - imgur.com/p4KnVjD 但我会查看 igraph 选项并尝试调整它

嘿 Nicola，这是一个很好的答案。当它可用时，我会向你发布赏金 - 谢谢。

【参考方案2】：

您可以使用此代码（实际上它甚至不需要 igraph...）：

# of course you need to install arcdiagram first
# as described in the pdf
library(arcdiagram) 

DF <- read.table(text=
"ENV;MO,echoic;tact,social 
ENV;MO,mand,physical
OVB,intraverbal,social
ENV;OVB,tact,social
OVB,intraverbal;tact,social
OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,social
OVB;ENV;MO,intraverbal;mand,physical;social
ENV;MO,mand,social;physical",sep=',')

# replace ";" with "&\n"
DF[] <- lapply(DF,function(x)gsub(';',' &\n',x))

# create adjacency matrix
m <- rbind(as.matrix(DF[,1:2]),as.matrix(DF[,2:3]))

# plot...
arcplot(m ,col.arcs='DodgerBlue',lwd.arcs=2,col.labels='black',las=2)