用于 rmarkdown 的 YAML 中的内联 R 代码不运行

Posted 2023-02-26

【中文标题】用于 rmarkdown 的 YAML 中的内联 R 代码不运行

【英文标题】：Inline R code in YAML for rmarkdown doesn't run

【发布时间】：2015-12-14 17:40:42

【问题描述】：

在让rmarkdown 运行文件之前，我正在尝试在 YAML 前端运行内联 R 代码。但是它对我不起作用。这是一个例子：

---
title: "**Title**"
classoption: xcolor=dvipsnames
output:
  beamer_presentation:
      slide_level: 2
      pandoc_args: [
        "--bibliography", "`r paste('path/to/bib')`"
        ]
---

<!-- slide 1 -->
## Intro ##

这会引发错误：

pandoc-citeproc: could not find `r paste('path/to/bib')`

这是一个简单的例子，但突出了我的主要问题。如何让 rmarkdown 在 YAML 前端运行内联 R 代码？

与这些问题类似的问题：

Manipulate RMarkdown metadata from within R code chunks YAML current date in rmarkdown

【参考方案1】：

这就是我解决这个问题的方法。我从 RStudio 编织。奇怪的是，我不得不对日期和 csl 字段使用一种解决方案，而对参考书目字段使用不同的解决方案。 !expr 在日期或 csl 行中不起作用（对我来说）。并且引用的 r 代码在参考书目行中不起作用（对我而言）。我在一个包（inst/docs 文件夹）中有参考书目和 csl 文件。不属于该软件包的 rmarkdown 文件使用这些文件。

---
title: "Title"
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output: html_document
bibliography: !expr system.file("docs", "my.bib", package = "MyPackage")
csl: '`r system.file("docs", "my.csl", package = "MyPackage")`'
---

# Introduction

Yada yada [@MyRef04].

# References

my.bib 是带有 MyRef04 的 BibTex 文件。 csl 是样式文件

在这种情况下，一个人维护一个包含数据、代码、参考书目等的包。包编写者可能不知道的其他人从 GitHub 安装该包并编写或运行使用该包的 rmarkdown 文件。用户几乎可以肯定不使用 Git 或 GitHub，我不希望他们在从 GitHub 安装软件包后下载任何额外的文件。

更新：发布以上内容后，我碰巧从 GitHub 安装了 markdown，因为我需要在开发版本中的一些东西。使用 GitHub 上的 rmarkdown 版本“1.7.5”，您可以在参考书目行中使用 r 代码：

---
title: "Title"
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output: html_document
bibliography: '`r system.file("docs", "my.bib", package = "MyPackage")`'
csl: '`r system.file("docs", "my.csl", package = "MyPackage")`'
---

从 GitHub 安装 rmarkdown

library(devtools)
install_github("rstudio/rmarkdown")

【参考方案2】：

所以我找到了一个关于获得我想要的东西的方法。 Rmarkdown 我认为不允许在 YAML 中使用 R 表达式/命令，这可能是有充分理由的。我最终做的是将所有输出 yaml 命令放在一个名为 _output.Ryaml 的文件中，如下所示：

beamer_presentation:
  slide_level: 2
  includes:
    in_header: "src/preamble.tex"
  pandoc_args: [
    "--bibliography", "`r paste('path/to/bib')`",
    "--variable", "classoption:xcolor=dvipsnames",
    "--variable", "fontsize:9pt"
    ]

然后在 slides.Rmd 主文件中，是这样的：

---
title: "**Title**"
author: Luke
---

<!-- slide 1 -->
## Intro ##

然后，我可以使用 R 代码（我将其放入 Makefile）生成幻灯片：

knitr::knit('_output.Ryaml', '_output.yaml')
rmarkdown::render('slides.Rmd')
unlink('_output.yaml')

似乎运行良好。如果有人有更好的主意，请告诉我！