如何访问在 RMarkdown 文档中作为参数传递的文件中的数据？

Posted 2023-03-24

【中文标题】如何访问在 RMarkdown 文档中作为参数传递的文件中的数据？

【英文标题】：How do I access the data from a file passed as parameters in a RMarkdown document?

【发布时间】：2016-03-29 22:30:34

【问题描述】：

按照 RMarkdown 的 Parametrized Reports 页面上的最后一个示例，我正在尝试使用 Shiny 接口来选择我的输入文件，并在 YAML 标头中使用以下代码：

params:  
  data:  
    input: file  
    label: 'Input dataset:'  
    value: myData.csv  

Shiny 界面出现，我可以浏览文件，但是当我尝试通过read.csv(file=params$data, header=TRUE) 在R 代码中进一步访问它时，我收到以下消息：

文件错误（文件，“rt”）：无法打开连接

如何才能读取我的文件？

注意：我见过thread，用户在呈现RMarkdown 文档时在函数中传递文件路径，但这不是我想要做的。我只想能够从Shiny 界面中选择它。

编辑 再玩一会儿后，我认为问题在于，当我尝试访问时，我通过shiny 接口选择并作为 params$data 传递的文件时创建的临时文件不存在了。 事实上，file.exists(params$data) 返回FALSE。

所以我想我现在的问题变成了：如何在这个临时文件被擦除之前读取它？

【问题讨论】：

很确定这是系统中的错误。我向 RStudio 工作人员报告了这个问题，但还没有答案。

您是否尝试过像使用 Shinyapp 一样访问该文件？通常，fileInput 创建的对象不是文件的路径。在您的情况下，实际路径是params$data$datapath 或params$datapath。

【参考方案1】：

这看起来不能再复制了。

只是为了解释这是如何完成的：

创建一个新的 RMarkdown 文档

将以下 yaml 块添加到顶部：

params:  
  data:  
    input: file  
    label: 'Input dataset:'  
    value: myData.csv  

将以下 R 块添加到文档中：

```r data
cat(params$data)
c <- read.csv(params$data)
print(c)
```

在“Knit”下拉菜单下选择“Knit with Parameters”选项

附加任何有效的 CSV 文件并在 Shiny 参数面板中单击“Knit”

【讨论】：

是否可以访问原始文件路径？我正在编写一份需要记录文件位置和时间戳的报告。