在 R 的命名空间中导入有啥好处？

Posted 2023-02-23

【中文标题】在 R 的命名空间中导入有啥好处？

【英文标题】：What is the benefit of import in a namespace in R?在 R 的命名空间中导入有什么好处？

【发布时间】：2011-11-09 03:13:11

【问题描述】：

R 的命名空间机制允许使用export 函数，然后这些函数对用户可见。此外，它还允许 import 来自其他包的函数。虽然出口的好处是显而易见的，但我在理解进口的好处时遇到了更多问题。

一个好处似乎是，可以使用其他包中的功能而无需附加包，从而节省内存。这在1.6.4 in the writing R extensions manual 部分举例说明。

但是，导入功能肯定还有其他好处。特别是，section 1.6.6 (that deals with S4 classes) 显示了 stats4 包的namespace：

 export(mle)
 importFrom("graphics", plot)
 importFrom("stats", optim, qchisq)
 ## For these, we define methods or (AIC, BIC, nobs) an implicit generic:
 importFrom("stats", AIC, BIC, coef, confint, logLik, nobs, profile,
            update, vcov)
 exportClasses(mle, profile.mle, summary.mle)
 ## All methods for imported generics:
 exportMethods(coef, confint, logLik, plot, profile, summary, show, update, vcov)
 ## implicit generics which do not have any methods here
 export(AIC, BIC, nobs)

这里导入的函数既不是 S4 类也不是泛型（使用 import 也是有意义的，如 that section 中的示例所述），但是像 plot 这样的函数来自 graphics 包在 R 启动时自动加载。

因此我的问题是，导入 plot、optim 或 qchisq 等函数有什么好处？

【参考方案1】：

如果从包 Bar 导入函数 foo，则无论用户对其搜索路径执行什么操作，都会找到该函数，例如，通过附加一个也具有函数 foo 的包 Baz。如果没有名称空间，包代码会突然发现自己使用Baz::foo。还有效率问题（foo 会立即找到，而不是在搜索路径上的所有符号之后），但这些对于大多数应用程序来说可能是微不足道的。同样，importFrom 是对import 的改进，因为冲突更少（或使用了意外函数）和更有效的查找。

使用 S4（和 S3），事情会变得相当复杂。像graphics::plot 这样的非泛型函数可以在两个不同的包中提升为泛型（使用setGeneric），并且每个泛型可以附加自己的一组方法。包作者希望准确了解哪个plot 泛型，以及哪些方法调度表、它们的类和方法可以看到。

使用pkg::foo 调用函数总是解析为预期的函数。它要求 pkg 列在DESCRIPTION 文件的Depends: 字段中（可能在Imports: 中，但不从pkg 导入似乎是误导性广告），污染了用户的搜索路径。它还涉及两个符号查找和一个函数调用 (::)，因此效率较低。我的懒惰和缺乏注意细节的部分也认为使用:: 是乏味且容易出错的。

包codetoolsBioC（通过带有用户名和密码readonly的svn）可以从现有包中生成一个NAMESPACE文件（或者至少在最近对R-devel的更改之前它可以在没有包的情况下引入一个NAMESPACE；我没有在这样的包上尝试过codetoolsBioC）。

【讨论】：

也就是说，导入这样的函数只有在想要将其提升为泛型时才有意义？ （如果想假设在名为plot 的搜索路径中没有其他函数）

导入您的包使用的函数（从 base 以外的包，始终可用）总是有意义的，否则当某些第 3 个包定义函数 plot = function (...) "I have a good story to tell" 时，您的代码会中断。您无法控制搜索路径，但用户可以。

如果我总是使用:: 运算符调用函数（例如，总是graphics::plot() 而不是plot()），如果已经附加了一个包，导入还有什么好处吗？跨度>

@Martin Morgan：我不确定能得到一切。我发布了另一个与此相关的问题。你能看看吗？ ***.com/questions/8501906/…

@Henrik 使用 :: 运算符并不总是有效，例如 raster::plot。此外，如果包已经附加，它可能会不必要地冗长，尽管具体说明函数命名空间通常有利于可移植性。