覆盖在命名空间中导入的函数

Posted 2023-02-23

【中文标题】覆盖在命名空间中导入的函数

【英文标题】：Override a function that is imported in a namespace

【发布时间】：2011-09-09 10:20:02

【问题描述】：

由于 R 中的 termplot 函数包含一些奇怪的代码，这些代码会给我带来烦人的错误，我想在我自己的测试代码中覆盖它，直到找到更持久的解决方案。问题是 mgcv 包没有加载更改的函数。 mgcv 包使用 NAMESPACE 文件中的 importFrom() 从其命名空间中的 stats 包加载 termplot。

如何说服 mgcv 使用更改后的术语图？我试过了：

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))

当应用于 lm-objects 时，这有效并且使用了更改后的术语图。但是当使用由 mgcv 包制作的 gam-objects 时，这是行不通的。如果可以避免的话，我真的不会从源代码构建 stats 包...

为了澄清，我也尝试过

assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="stats")
assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="mgcv")

在所有可能的组合中，在附加 mgcv 之前，在附加 mgcv 之后，我没有设法让它工作。

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编辑：

我尝试了这里给出的所有选项（除了重建任何一个包），但无法让它工作。对我来说最简单的方法是使用包装函数。可以在here 找到该讨论。感谢所有提示。

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一个可重现的例子：

my.termplot <- function (x) print("my new termplot")

  unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
  assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="stats", envir=as.environment("package:stats"))
  assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
  lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))


y <- 1:10
x <- 1:10
xx <- lm(y~x)
termplot(xx)
require(mgcv)
dat <- gamSim(1, n = 400, dist = "normal", scale = 2)
b <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + x3, data = dat)
plot(b,all=TRUE)

plot.gam 为非平滑项（在本例中为 x3）调用 termplot，但找不到新的 termplot 函数。

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EDIT2：显然，我的示例有效。我现在看到我解决了自己的问题：在第一个代码中，我没有在 assignInNamespace 中添加命名空间和包。重要的是要记住在加载另一个包之前更改命名空间和包中的函数。感谢@hadley 为我指明了正确的方向，@Marek 用于测试代码并报告它的工作原理，其余的则用于努力回答。

【问题讨论】：

您在加载统计信息之前尝试使用assignInNamespace 吗？例如。在.Rprofile中？ ?assignInNamespace 中有注释：“assignInNamespace 更改命名空间中的副本，但没有任何已从命名空间导出的副本”

@Joris：请举例说明您如何调用termplot。显而易见的答案是打电话给my.termplot 或你覆盖的stats::termplot，但我想这对你来说是不可能的。

@Richie @Joris 并没有真正调用 termplot()，mgcv 正在调用 termplot()，而 Joris 想要一种方法让 mgcv 看到他分配给 stats 命名空间的新版本 termplot ，但无法让 mgcv 看到除原件之外的任何内容。

@Marek ：会尝试。我确实检查过； termplot 和 stats:termplot 都返回正确的函数。这就是我使用整个 unlockBinding... 的原因。但不知何故，mgcv 在其他地方得到了它。谢谢你的小费

这将很难，因为您需要覆盖 S3 方法表中的函数。

【参考方案1】：

我很难过 - 我无法弄清楚 plot.gam 是如何定位 termplot - 据我所知，它没有使用普通的范围规则。这似乎需要对命名空间的理解比我目前拥有的更深入。

my.termplot <- function (x) print("my new termplot")

# where is it defined?
getAnywhere("termplot")
# in package and in namespace

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, "package:stats")

unlockBinding("termplot", getNamespace("stats"))
assign("termplot", my.termplot, getNamespace("stats"))

getAnywhere("termplot")[1]
getAnywhere("termplot")[2]
# now changed in both places

y <- 1:10
x <- 1:10 + runif(10)
xx <- lm(y ~ x)
termplot(xx) # works

library("mgcv")
b <- gam(y ~ s(x), data = data.frame(x, y))
plot(b) # still calls the old termplot

# I'm mystified - if try and find termplot as
# seen from the environment of plot.gam, it looks 
# like what we want
get("termplot", environment(plot.gam)) 

【讨论】：

我在debug 模式下运行plot.gam，它似乎从不调用termplot。 termplot 取决于if (n.para > 0) 条件，在您的情况下为FALSE。 termplot(b) 按预期工作。

但是在 Joris 数据上的工作就像一个魅力（即：返回关于未使用参数的错误）。

平滑器的绘图在函数 plot.gam() 中编码。仅当我是对的时才对非平滑项调用 Termplot，这就是我使用该示例的原因。您的代码确实有效。显然，我还需要在命名空间中解锁术语图。我猜...

哦，我以为我也尝试了原始示例，但都没有成功。

你怎么能阻止mgcv这样加载？ - - 我不明白termplot 是如何覆盖所有其他plot 函数的。如何使库及其功能持久化？

【参考方案2】：

我认为 trace() 函数会自动执行上面尝试的操作。做：

trace('termplot', edit='gedit')

其中 'gedit' 是文本编辑器的名称。编辑器将打开原始代码，您可以粘贴您想要的任何替换代码。

要返回原始版本，只需 untrace('termplot')

警告：当文本编辑器打开许多文件但它不起作用时，我尝试使用它。所以我在我的系统上使用了一个我不经常使用的文本编辑器“gedit”。这样我确信 R 会打开一个新的 'gedit' 实例。

我不确定这会有所帮助，但我认为值得一试。有命名空间时的搜索顺序真的很混乱。

【讨论】：

感谢您的提示，但这无济于事。我确实在 stats 包中获得了已编辑的版本，但 mgcv 继续使用旧版本。

【参考方案3】：

尝试覆盖您从中调用termplot 的函数。猜测一下，这是mgcv 包中的plot.gam。

首先加载必要的包。

library(mgcv)

这是您的备用 termplot 函数，已添加到 stats 命名空间。

my.termplot <- function (model, ...) 

  message("In my.termplot")


unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))

同样，这是添加到 mgcv 命名空间的包装函数。

my.plot.gam <- function (x, ...) 

  message("In my.plot.gam")
  my.termplot()


unlockBinding("plot.gam", as.environment("package:mgcv"))
assign("plot.gam", my.plot.gam, as.environment("package:mgcv"))
lockBinding("plot.gam", as.environment("package:mgcv"))

这是一个测试它的例子，取自?gam。

dat <- gamSim(1, n = 400, dist = "normal", scale = 2)
b <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + s(x3), data = dat)
plot(b) 

【讨论】：

我必须同时覆盖 termplot 和 plot.gam，这会导致 mgcv 命名空间内出现新的冲突。试过了，我得到的只是更多的错误......

使用示例代码，它可以工作。当我使用真实代码（即在 plot.gam 的情况下，正是 plot.gam 函数的代码）执行此操作时，我会从命名空间中的其他冲突中得到后续错误。不过感谢您的努力。