Cytoscape 安装和执行

Posted 2023-02-19

【中文标题】Cytoscape 安装和执行

【英文标题】：Cytoscape installation and execution

【发布时间】：2020-11-07 07:50:43

【问题描述】：

我已经安装了 Cytoscape 3.8.0，但它没有运行。但是，我导航到 cytoscape.bat 以检查导致以下错误的问题：

错误：发生 JNI 错误，请检查您的安装并重试 线程“main”中的异常 java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/cytoscape/launcher/internal/Launcher 已由更新版本的 Java Runtime（类文件版本 55.0）编译，此版本的 Java Runtime 仅识别类文件最高版本 52.0

另外，在检查 java 版本后，我得到了以下详细信息：

java 11.0.8 2020-07-14 LTS
Java(TM) SE Runtime Environment 18.9 (build 11.0.8+10-LTS)

我还为 java 设置了所有必需的环境变量。

我可以做些什么来解决这个问题？

【问题讨论】：

你必须安装 Java 11。

@JCWasmx86 我已经安装了 java 11 (jdk 11.0.8)，但是我的 JRE 版本是 8，检查了 JRE 版本 11 但我猜 8 是 JRE 的最新版本。

【参考方案1】：

如上所述，您需要安装 Java 11。由于 Oracle JDK 的许可问题，我们现在专门针对 OpenJDK 进行测试。您可以从AdoptJDK获取 OpenJDK 11 的版本

【参考方案2】：

除了 Java 问题之外，Mac 上的最新更新导致基于 OpenCL 的 Cytoscape 应用程序失败并阻止 Cytoscape 启动。

这将在未来的更新中修复，但您可以通过以下两种方法之一禁用 OpenCL 来立即修复您的 Mac 安装：

将disable-opencl.dummy file 下载到您的 CytoscapeConfiguration 目录（在您的用户主目录中）。

或者，您可以通过在终端中运行以下命令来创建一个空的虚拟文件：

touch ~/CytoscapeConfiguration/disable-opencl.dummy

Cytoscape.org 描述了这些修复程序。