从 Rcpp Armadillo 中的 sp_mat 访问维度名称

Posted 2023-02-17

【中文标题】从 Rcpp Armadillo 中的 sp_mat 访问维度名称

【英文标题】：Access dimension names from sp_mat in Rcpp Armadillo

【发布时间】：2018-08-29 21:59:52

【问题描述】：

我是 Rcpp 的新手，我正在尝试确定如何访问输入的维度名称，以便稍后在脚本中使用它们。具体来说，我试图从 Armadillo 中的稀疏矩阵中获取列名，并使用它们来命名单独对象中的行。

举例说明： 让我们从生成一个平凡的稀疏矩阵开始。

   input_mat <- Matrix::Matrix(sample(c(0,1), 35, replace =T)
                        ,nrow = 5
                        ,ncol = 7
                        ,dimnames = list(LETTERS[1:5], letters[1:7]))

接下来，让我们用它在 Rcpp 中做一些事情。我们将输出一个填充了一些随机数的数字矩阵。输出的 nrow = 输入的 ncol。

cppFunction('NumericMatrix map_columns(arma::sp_mat x, int k) 
              int n = x.n_cols;
              NumericMatrix new_mat = NumericMatrix(n, k);
              for(int i = 0; i < n; i++) 
                for(int j = 0; j < k; j++) 
                    new_mat(i,j) = rand() % 100 + 1; 
                
              
              rownames(new_mat) = CharacterVector::create("a", "b", "c", "d", "e", "f", "g");
              return(new_mat);
              ', depends = "RcppArmadillo"
              )

map_columns(input_mat, 4)

我不想手动指定 new_mat 的行名，而是想获取 x 的列名并动态分配名称。我尝试访问稀疏矩阵的插槽名称，并尝试以与 R 中相同的方式分配它们，但没有运气。

我猜我犯了一个简单的错误。有人可以帮我解决这个问题吗？任何帮助将不胜感激。

【参考方案1】：

我不知道在转换为犰狳对象后访问 S4 插槽的可能性，但是，您可以将稀疏矩阵作为 S4 对象传递给函数并显式处理转换：

input_mat <- Matrix::rsparsematrix(5, 7, 0.2)
input_mat@Dimnames <- list(LETTERS[1:5], letters[1:7])


Rcpp::cppFunction('NumericMatrix map_columns(Rcpp::S4 y, int k) 
              arma::sp_mat x = Rcpp::as<arma::sp_mat>(y);
              int n = x.n_cols;
              NumericMatrix new_mat = NumericMatrix(n, k);
              for(int i = 0; i < n; i++) 
                for(int j = 0; j < k; j++) 
                    new_mat(i,j) = rand() % 100 + 1; 
                
              
              Rcpp::List dimnames = y.slot("Dimnames");
              Rcpp::CharacterVector colnames = dimnames[1];
              rownames(new_mat) = colnames;
              return(new_mat);
              ', depends = "RcppArmadillo"
)

map_columns(input_mat, 4)

请注意，我正在创建一个稀疏矩阵，而不是在您的示例代码中找到的密集矩阵。

旁注：不要使用rand()。使用 R 的 RNG，来自 C++11 的 <random> 或 ...

【讨论】：

有一些与此相关的 Rcpp Gallery 帖子，用于 S4 访问和转换（通常由稀疏矩阵驱动）以及属性设置。