DCA：使用自动绘图或 ggplot2 标记点

Posted 2023-03-24

【中文标题】DCA：使用自动绘图或 ggplot2 标记点

【英文标题】：DCA : Labelling points with autoplot or ggplot2

【发布时间】：2021-05-15 18:37:12

【问题描述】：

我发现在 autoplot 或 ggplot 中为具有 DCA 的站点添加标签非常困难。 我还想根据它们的组来区分 autoplot/ggplot 上的点。 这是我使用的数据和代码，它运行良好，直到 autoplot/ggplot 命令：

library(vegan)
data(dune)
d <- vegdist(dune)
csin <- hclust(d, method = "single")
cl <- cutree(csin, 3)
dune.dca <- decorana(dune)
autoplot(dune.dca)

这是获得的自动绘图：

我正在使用简单的编码，我尝试了这些代码，但它们并没有引导我到任何地方：

autoplot(dune.dca, label.size = 3, data = dune, colour = cl)
ggplot(dune.dca(x=DCA1, y=DCA2,colour=cl))
ggplot(dune.dca, display = ‘site’, pch = 16, col = cl)
ggrepel::geom_text_repel(aes(dune.dca))

如果有人有一个简单的建议，那就太好了。

【问题讨论】：

欢迎来到 SO。通过将包添加到代码中，确保您的示例可重现。 Dune 不是基础 R 的一部分。您应该考虑查看 ggplot::geom_label 的帮助文件以及使用 ?ggplot::geom_label 的示例。您绝对应该阅读关于 ggplot2 的guide，以熟悉语法。现在这就是你的问题所在。

嗨。谢谢您的建议。是的，我已经阅读了本指南，并且没有任何关于在 DCA 上贴标签的内容。我花了两天时间尝试贴标签，但没有成功。我使用 R 多年，从未发布任何内容。在寻求帮助之前我想了 100 次，但这次没有任何效果。我不明白为什么为 DCA 任命添加标签如此复杂。我使用 PCA 轻松管理，但显然由于结果的结构，它与 DCA 的工作方式不同。

从您的帖子看来，您似乎缺少autoplot(...) + geom_label(nudge.y = 0.25) 或类似的东西，用您的代码替换...。

【参考方案1】：

通过添加的信息（包），我能够深入挖掘。

问题是（简而言之）autoplot.decorana 将数据添加到特定层（geom_point 或geom_text）。这不会继承到其他层，因此添加其他层会导致空白页。

基本上注意到下面2个代码字符串之一会导致错误，并注意data参数的位置：

# Error: 
ggplot() + 
  geom_point(data = mtcars, mapping = aes_string(x = 'hp', y = 'mpg')) +
  geom_label(aes(x = hp, y = mpg, label = cyl))
# Work:
ggplot(data = mtcars) + 
  geom_point(mapping = aes_string(x = 'hp', y = 'mpg')) +
  geom_label(aes(x = hp, y = mpg, label = cyl))

ggvegan:::autoplot.decorana 放置数据，如示例中返回错误。

我看到了解决这个问题的两种方法：

使用ggplot_build 或layer_data 提取图层数据并创建整体或单层映射。 提取生成数据的代码，并手动创建我们的绘图（不使用autoplot）。

老实说，我认为第二个更简单，因为我们可能必须提取更多信息以使我们的数据变得合理。通过查看ggvegan:::autoplot.decorana 的源代码（只需省略括号将其打印到控制台），我们可以提取下面的代码，它生成的数据与图中使用的数据相同

ggvegan_data <- function(object, axes = c(1, 2), layers = c("species", "sites"), ...)
  obj <- fortify(object, axes = axes, ...)
  obj <- obj[obj$Score %in% layers, , drop = FALSE]
  want <- obj$Score %in% c("species", "sites")
  obj[want, , drop = FALSE]

有了这个，我们就可以生成我们想要的任何图，使用适当的映射而不是层单独的映射

dune.plot.data <- ggvegan_data(dune.dca)
p <- ggplot(data = dune.dca, aes(x = DCA1, DCA2, colour = Score)) + 
  geom_point() + 
  geom_text(aes(label = Label), nudge_y = 0.3)
p

这给了我们我希望是你想要的输出

【讨论】：

谢谢。这很棒。是的，这就是我想要得到的。我只是想展示没有物种的网站。我会试试你提议的。它希望 ggplot 更易于使用。非常感谢。

它的设计很简单。但是有些事情可能是不直观的。这绝对是其中一种情况，我猜作者不知道是这种情况。 :-)

查看package repo 这是作者意识到的一个问题。从源头上看，这种选择的主要原因似乎是，几个地块有额外的层（例如cca 的箭头）。可以尝试打开一个问题，看看他们是否不会将数据添加到主层。